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Detailed information on CNT30118033


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE:
NONORUT005458, E-value = 2e-10

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30553227Oryza nivaraOryza glaberrima10063.6899.413063forward
CNT30110600Oryza nivaraOryza longistaminata46.3649.0798.171420forward
CNT30575570Oryza nivaraOryza barthii10073.8499.443063forward

Expression of CNT30118033

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (39 aa)
MLVSLQFTCEGDMKSGMSNSCGFASFSGHTYFHPFCSKQ*

>peptide 2 (50 aa)
PGFLAFVLLNAGITFLLVPSKGNFKAKWLAMYNPRSINIFTNYINFFVKF*

>peptide 3 (76 aa)
MRFHRCIKIYCVTMKPVATTILGYQYVLPRYTSWVMSCGSCPYPPGKCVDRLCEVLGQRHGDIVLGQRYGERYVYR*

>peptide 4 (29 aa)
MRGSRTETWGYSSRTEIWGEICISLGVKF*

Sequence

>CNT30118033
CCAGGATTTTTAGCATTTGTTTTATTGAACGCTGGAATTACTTTTCTCCTCGTGCCATCTAAAGGTAACTTCAAAGCTAAATGGCTGGCCATGTATAATC
CTAGGAGCATAAATATTTTTACAAACTATATAAATTTCTTTGTAAAATTTTAATAGTGATTCAGTGTTGCAACGGGAAATGCTATATACATGGCCAGCCA
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TGTGGTACGATATTTATAAAGTTCAAGTTGTCTTTGTTTCCCAGAAAATCTTAGGTCTAGCAGACTTACTTAGTTTCTGTTTACAAATGAATAATCGGGT
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GTTTTGTTAGCTCAAGATATGGTGGAATATTTACAACTGTTTTAGTAACTCCCAGATAATCTTTCTCTACATACATGCATAACTAATTTCTCTAGGATAA
TGACACATTTCTGATTCGTTAAGGGCAAACTTTGAAGTACATCTGTTATGCGCGAGATATTCAGTTTATATTTCTAAACTTGGGTGCACTTTGAATCAGG
ACGAATAGGCTCAGTTGGATCAGTTGAATATAAAGAAGTGGTGTGCAATTAGGTTTTTTTGTAAATAGCTCAAGTTAGTTTTCTTCCTTGTAGGATAGTT
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TGACGTCCTGACTAATCCTGACTAATCTGTATGACCTTTTCTTCCATTTACAAATGCTTGTGTCTCTCCAGTTCACCTGTGAGGGAGATATGAAATCAGG
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AAAAAAAAACAAGGTGATCCAATAAAGTATTAAAACACCCATGGATCATGTTGCTACCCTGTGGTGATGAAAAGAGACATAAGTGCTAGCTACTATTTTT
TGTTTAATCATGAAACAGAGGCTTCATGAAACCAGATCAAGCAAGTCAAATGGGATTGCATCATAGGTAAGATCAAAGTTTTCCCCTTTTTGACATCAAC
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TTTTTTTTTACCCGGCCTCTACATCCAACTGGATATATGCAACCTTTTTAAATTAAGAACTTAGCCCTCAAATAACCCAATCTGAAATTCGCTCCTATAG
CGATTTAAATTCAGGACCTTGGGGTGCTACTCAGGTTACTGCAACCATTAGGCTACATACCCTTTTACATGTTGCATTTGTCTAGATTATTGCATTTATA
AGCAGTAAATCTTTTTCAGAGCAAATAGCATTTGTGCAGTGACCAAGGGTACTATCTTCTTGATTTGCTTGCAGTCTCCCATTGTTTGCTGAGACCATCA
ATACTCTTGCATGGATGATGGTTCAATTGAATAATTAGGAACTGCAATACTGGACGAGGCTTGTTTGAGTTTTCTTTAGTTCTCTTCAATAAGTTACCTC
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TGTCATGGTACGTTGCTAACTGTTTGGGCCTTCTGGTGCAATTTTATCATTGAGATATTTTGTGCAGTGATGAAATGCATATTTGTATTGTACGATACTT
TTATATTATCAATAGTAATTTACTTTAATTATTTTTTCAATTTTAAAAGTTGACCTGTTAAATGAGGTTTCACAGGTGCATTAAAATTTATTGTGTTACA
ATGAAACCTGTTGCTACAACAATCCTAGGATATCAATATGTGTTACCTAGGTACACTTCTTGGGTGATGAGTTGTGGGAGTTGTCCATATCCTCCTGGAA
AATGTGTTGACAGGTTATGCGAGGTTCTAGGACAGAGACATGGGGATATAGTTCTAGGACAGAGATATGGGGAGAGATATGTATATCGTTAGGCGTGAAG
TTCTGATGGTAAATTTATGGAGAAAAATTTGATATTGACCGAATGTATCTGTGTGCAAATTGT