Detailed information on CNT30116834


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE: nothing found

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30696414Oryza nivaraOryza sativa80.3175.598.881790forward
CNT30595455Oryza nivaraOryza meridionalis13.8634.2695.15309forward

Expression of CNT30116834

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (30 aa)
MNFYTCEQVLITNWMVLFLLSVGSILFDLL*

>peptide 2 (58 aa)
SRRPPPRSRCRPESVPWLLMSLPPKLTVAINPSPVSNRCCCWLLLSMTQIEISQPQRP*

>peptide 3 (30 aa)
MVIKILNFLHATILAQSDPYILMLSSNSEN*

>peptide 4 (58 aa)
MHAQMNQVCAFFLVLILKGSNHKNRIGPFLFLCNGNQDTEFSTCHYTSTIRSLYPYAE*

>peptide 5 (51 aa)
MILGDNYMVPFSGSAATLLDSDSMVLPMELSFLLFELKHHLLLQKLKPLSS*

>peptide 6 (43 aa)
MYLYTCYSSNPTDSVLLYEELNTLVSFETASLLVFLTVAYDLY*

Sequence

>CNT30116834
CCTCACGCCGGCCGCCGCCCCGCAGCCGCTGCCGGCCTGAATCGGTTCCGTGGCTCCTCATGAGTCTACCCCCCAAGCTAACCGTAGCCATCAACCCCTC
ACCAGTCTCCAATCGATGCTGCTGCTGGCTACTGCTCTCAATGACTCAGATTGAAATTTCCCAACCCCAGCGCCCCTGATTCAAGAGTGGCTCAGACCAG
CCGTCTCTCCCTCCCCGAGCTCCTCCTCTCTGATCCCCTAATATCCCTACTTCTGTGACGTGATCTGATTGGTTGTTCTCTTAGGTGGTAATCTACGATG
AATTTTTATACTTGTGAACAGGTTCTAATAACCAACTGGATGGTGCTATTCCTGCTATCTGTAGGTTCTATATTATTTGATTTGCTATAATTGGATGATG
ACTATATGCTATGGATGAATGAGTGAATGCATGCTCAAATGAATCAAGTATGCGCATTTTTTTTAGTACTGATATTGAAAGGGTCAAATCACAAAAACAG
GATTGGTCCTTTTTTATTCTTATGCAATGGTAATCAAGATACTGAATTTTCTACATGCCACTATACTAGCACAATCAGATCCTTATATCCTTATGCTGAG
TAGTAATTCAGAGAATTAATTTGAATTCCTGCATACCAAATGCATCATAGTAATATGACTAAAATGATCACATGACCTAAAAACTATGCATCTTGATTTT
GTTGTCAAATATACTGACTACTAAAATAACTGGTAATTAATTGTGTTCTATGTTATTGGTCTTAGCAAAGTTATGCTGATCAACTACTAAGGTTCAGATC
CTAATGTTATGCTCTTCTAGGACTTATGATTAGGACTCATAGATTTCTGTTTATGGATCTACATTTATACTAAAGATGTACTTGTACACTTGCTATTCAT
CCAATCCTACAGATTCGGTATTACTATATGAAGAACTAAATACATTGGTGAGTTTTGAGACTGCTAGTCTGCTAGTATTTCTCACTGTGGCATACGATTT
ATATTGATTAATACTTACAGAACTAATGTATGTCATGCTTTAATCTAGAATCATATGCTCTAGATGCTCTGCTATAGAGACTTATAACCCTACTCATTAA
TTCTAACTATTTATAATTTCAGGATTCACCAAAGAGATGCATGCGCAGCTGTTTACCTAAATGCATTTAGGTAATAATTCTAGACAAACTAAAATGTTTC
TTGTTACTAACCCCAAATAATTATAAACTAGAATTAACCTATATTTACTTTTCAGTTAAATAAAAATATTTATGTCCTACTAGTTGCACTTCCTACTCTG
CAGCTCAAATTACTTAATATTCTTGTTCATCTTCTAATGGATGCAAATGCAACTCACAACTCCTACACATACTAGTATATGCATCACTCAAGAATCATGT
CATGATATGATTGTACTTTCAGTTTAATCTCCTGATTACCTGCCATGATTTTAGGTGACAATTATATGGTTCCCTTCTCTGGTTCTGCAGCTACTCTTCT
GGACTCTGATTCAATGGTTCTCCCGATGGAACTGTCATTTCTCCTCTTTGAGCTGAAGCACCACCTGCTCCTCCAGAAACTGAAACCCCTCTCTTCTTGA
AGCTCAGGACTGAACACCTCTACTTCATCCAAGAACTAAATACCTTTGCTTCTCCTTCTTCAGATTTGGTTTCTCTCTCTCTCTTTCTTGTTGTTTCCCT
GTGGATGCTAGGAATGAGATACGGTGTAATTGTGTTGCTGGCTACTAAGCTACTGCTCTGCTATTTTTCTCTGTTTTGAGCTGGTTTTACAACCGAACTG
CTGGCTGCTACTACTGCTGCGGCTGAGGCTGCTGCTTGGGGTTGTTTTCCAGCCGATGCAACCGAGACTGATTCACAGATAGCTGGTTAATATATGTGTG
AATTTTTTTTGTGAAGGCTGGGTGACTCACCTGCTTTAGTTTTGGTGGTTGTTTCACTGACTGACACCTAAGCAGTGTTTGATCGGTGGTGTAATGTGGG
ATTTCACTAAATTTTTCTATTTAGATAAATTCTGATACAATTAGGTACTTTTGCACTTGAGTCCCTCGGGGTCTCTAAAATTGAAGGTTACTCTGAGATT
AGGGACTAATTTATAATTGTTCTAGAACTCATAGTCATTTTTGCAAGGTTACCAATTCTCCATATATTTTTGGTAGATAAATTTATGCTTCTATATGATG
TAGCCGTGCATCTATTTGCTTGCTGGGAT