Detailed information on CNT30115866


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE:
NONORUT005875, E-value = 0.0

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30694625Oryza nivaraOryza sativa6.7934.6689.31131forward
CNT30103881Oryza nivaraOryza rufipogon6.2825.5387.6121forward
CNT30577250Oryza nivaraOryza barthii9.7528.5385.11188reverse complement

Expression of CNT30115866

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (45 aa)
MHSQCSCQVNALLDAVLTCGKNLLLLIEGEWTPTRKSLCKLSRTN*

>peptide 2 (64 aa)
MKPNLIWLGFQGLASYIKTLTILVTLCSVLPWKSWKTWQLCTCVLNLDYRMMDLANYSLRFEMFD

>peptide 3 (36 aa)
MAAPVLHPRCRGPPIRGITTFFVELHARLHSFHGCV*

>peptide 4 (31 aa)
MLIHLIEPLERSHADVRRDDRHDRTAVSRVA*

>peptide 5 (41 aa)
MLCAFPTTVDLGRQRHFFPYAPFFSSSRAVGFLGHILHSSG*

>peptide 6 (38 aa)
MVHLYIFQKTSCVWFPTVLYLIQKLCNSLFHITLCSEM*

Sequence

>CNT30115866
CTTATATATATGATAAAAGTAACTTACGTATATAATAAAAGTAATTTATAAATATAAATATTTTTTTATCGTAATATAATCATGTAAGATCTTGTTGTGA
AGATTTAATTGTAATGAACATAATGGTGTAATCGGATTATAGATTGGATAAGTAATTTGAAAGGAAACTTTATTTGAGGAGAAAAAAGACATACGTATCT
ATTAAAAAAAGGCAAACAGGCACTATGTTGATCCATCTCATTGAGCCATTAGAGCGCAGCCACGCGGACGTACGTCGGGACGACAGGCACGATCGAACGG
CTGTGAGCCGTGTCGCGTGATACGACTAAAGCGAGAAGCCTCTCGCTTTAGATTTTAATATGGCCCTTATATTTACCCACATCCAAAATCGGTGCCAATC
CTAACCAGATTTTGGGATGCTCTGCGCATTCCCAACCACAGTAGATTTGGGCCGCCAGCGCCATTTTTTTCCGTACGCACCATTTTTCTCTTCCTCTCGC
GCCGTAGGCTTCCTGGGTCATATCCTTCATAGCTCCGGATGAAGCCGCGTTCTTGCCTTCGTTGACTTGTCTGATTAATTGTCTCCTCACCTATGGCAGC
GCCAGTCCTTCATCCAAGGTGCAGAGGCCCCCCAATCCGAGGAATCACAACATTTTTTGTTGAACTCCATGCTCGCCTCCATTCCTTCCATGGCTGTGTT
TAGTTCCTTATAAAAAATTTTTTTTGACGTATATGAATACACATTTAAAGTATTAAACATAGGTTAATAACAAAACAAATTATAGATTTCGCTTGTAAAC
TGCGAGACGAATCTATTAAGCCTAATTAATTCGTTATTAGCAAATGTTTACTATAGCACTATATTGTTAAATCATGGCGCAATTAAACTTAAAAGATTTG
TCTCACAATTTACATGCAAACTGTTTTATTGGTTTTGTTTCTGCCTACATTTAATGCTCCATGTATGTGTCTAAACATTTAATGTGACAGATTTTTTGAA
AGTTTAAAGGGAACTAGTCACAACCTATGTCACCGACGCCCCCCTCCGATCAGGGCCATCGAGGGCACCACCACACAGCTTGACCTCCATCCAGGACCCT
CAAGGGCGCCACCGCACGGCCTTACCTCCTTCCAGGCTGCCTCGCCCGCTCCATCTTATGGTGCTGCATCCCCTTCGTTGGCGGTCACCGGATCCCGTGT
TGCAGACTGATGCACTCTCAGTGTAGCTGTCAAGTGAATGCACTGCTTGATGCCGTTTTAACATGTGGGAAAAATTTACTTTTGTTGATTGAGGGGGAAT
GGACTCCTACCAGAAAATCTTTGTGCAAACTGAGTAGGACAAACTGAAATTGCAATATGATCGACTTCAGGTTGTTGTTGCTACTTGCTGTCATGCTCCA
GGCGTCCAAGTAGGTGATAAAAAAGTAATGAGTAATCATTTGTCTTGAATCTGCAGCCTAAAGTTTGGTGGGCATTCTATTGAATTGGCAGTTAAAAATA
ATGAATGTGCTTACAAGTCCACTGAATTCCAGCTAGTTGATAAATGGTGCATCTATATATCTTTCAGAAGACGAGTTGTGTGTGGTTTCCTACTGTACTA
TACCTTATTCAGAAATTATGCAACAGCCTATTCCACATCACACTATGCTCTGAAATGTAAACTGTCTACTTCATGATTCGTTTGTTTTTGGTGTTGCTAT
TGTTCTCTGCAAATCTTAAAAGTGCTTCACCATGAAGCCTAATTTAATTTGGTTAGGTTTTCAAGGTCTAGCTTCGTATATCAAAACACTAACTATATTA
GTAACCCTATGCTCTGTTCTGCCATGGAAATCCTGGAAAACTTGGCAGCTCTGTACATGTGTTTTGAATTTGGACTATAGGATGATGGACCTAGCTAATT
ACTCCCTCCGTTTCGAAATGTTTGATGC