Detailed information on CNT30115494


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE: nothing found

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30690669Oryza nivaraOryza sativa24.2171.5798.69914forward
CNT30100008Oryza nivaraOryza rufipogon59.438.1998.442243forward
CNT30574721Oryza nivaraOryza barthii28.6399.1799.171081forward

Expression of CNT30115494

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (54 aa)
MDSCLKLCVLTSLSVSHLISLSLFLPHVLYCSLISIFFEVVIYLSKLSCLIICV*

>peptide 2 (47 aa)
MDHPFVILAERAAGLTSLARKINRMEKNIGFDLLKMRSEEALLMVSM*

>peptide 3 (45 aa)
FHSNGNCPSNPSFPSPINTVPSPPQLTIQINSNVLQLVRCRERYG*

>peptide 4 (45 aa)
MISSSEEATTSYLASCLTLLGLCFCVLVGVVRRKRGVRGEADRRE*

>peptide 5 (31 aa)
MQAHARRMDGPVHMCEKGSSTFLRPIQIIGP*

>peptide 6 (31 aa)
MSRRCMQRYFPRSLYYCRYMRVTIVHKPCIL*

>peptide 7 (41 aa)
MDGFVWRVWLWPSISLLLYLSIILSLNCATVLLCSCFSLRG*

>peptide 8 (41 aa)
MFIIICIGPFHGSSFCHPSRKGGWADLLGKENQSDGKEHWI*

>peptide 9 (42 aa)
MGFGGLTEESEHTRCFLSMQEPCWELCVLTLYLSAVHHAQYD*

>peptide 10 (45 aa)
MGQQQLSIKLVPEKCKSYKWLTGYLSSRNGLVWFAIMSNVLLVLK*

>peptide 11 (32 aa)
MELRAFYGCESPNMYQTLFSPPRQMIFLKTFW*

>peptide 12 (37 aa)
MHNHIGTDFRINAYRDYLLFVTMCYLLFLKHGAINLL*

>peptide 13 (39 aa)
MVWFGLPSCRMYFWFLNSTLSVFFNYKSFCFLIFYLINL*

>peptide 14 (40 aa)
MLNGLMLEAMCAHFSLCQPFDLSFSLSPSCVILFSHIYLL*

>peptide 15 (30 aa)
MTRHFCCVSWCGVFMSTRNQKYFHMFLHKKH

Sequence

>CNT30115494
TTCCATTCAAACGGAAACTGCCCAAGTAACCCATCCTTTCCATCTCCTATAAATACCGTACCATCTCCTCCACAGCTCACCATCCAAATCAACAGTAATG
TTCTACAGTTAGTGAGATGTAGAGAGAGATATGGCTAGCTAATCCATGAGAGAGATCTAGATAGAGTGAGGGAGAGATGATCAGTTCTTCAGAAGAGGCT
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ACAGAAGAGAGTGAGCACACATGGTGACTTTCTTGCATGCTGAATGGACTCATGCTTGAAGCTATGTGTGCTCACTTCTCTCTCTGTCAGCCATTTGATC
TCTCTTTCTCTCTTTCTCCCTCATGTGTTATACTGTTCTCTCATATCTATCTTCTTTGAGGTAGTAATATACTTGAGCAAATTAAGCTGCTTAATTATTT
GTGTATGATGATCAGCTGCTGATCCGGCCTCATTTCTTGCATATATGAGATCAGTTTCAACCACAACCACATACATGCTTGTTCATTTTTTTTCACAAAG
AAAGAGAACAGTTTAATTTAATTTCTTGGGGTTTTTGGATCAGTTAATTTGTCTTGAGAGGGGAAGAGATCTCTATGGGTTTTGGAGGTCTGACAGAAGA
GAGTGAGCACACACGGTGCTTTCTTAGCATGCAAGAGCCATGCTGGGAGCTGTGCGTGCTCACTCTCTATCTGTCAGCCGTTCACCATGCCCAATATGAT
TAATCTCCTTCTCTCAGTTGACAGTAATTTCTTTGCCAGATCTCCTGTTAAATTTTCTGCCTAGCTAGCTATTATGCACATGCTTATTATGATGAGCCTG
CCAATATCATCTCCACGGCAAAACACAAACTAGCTATGATTTGATTCATTATATTTCTTTTCGCTGTTTAATTAATTATATGCAGGCATACACTAGCTAG
TTTCCAGCTAGTACAAAGACGAGACGAGGTCGTTCTGACGATTTTCATAGTCGTCAGAAGAAGGTGTGCATTGGTTTAATTTTTGTTCTTGGCTGTCAGA
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TATGAGTGTAGCTAGTATATATACTCTTGAAGGGTGTCTAATTAATTGGGGTCTCTAGCTAGCTCCTTCTCTGAATCTGTCCATGAATTGAATCTACTAT
GTATGTGCTGGTGCTTACTGTTATTTCATGTACTACATATAATTGATAAATCAATTTAGGCTTTCAGTTTCTTTAATTTGTGAGCACAAGTTTACATTAT
ATTGTAATTGGAATCTGTTGCAAGTACTATATACTGTTTTTTTATGCATAGCAGTTGAGAAATAGAATCCAATATACTTGTGCAATTTATTCTATGCCAC
CTTAATTAATTACTTCTTCCTAGTAATGAAGTGCTAGCTTCGATCTTTCAATATTACCTGTCAATCTTAATTTATACTTGTTTAATTTGACTGTAATTTG
CCAGCTAGAATTAAATGTACATTAAATTGAATTCTTCAGTGTTGTTCTTGTGAAGTTAAAATAATTTCTGAACATTCACCCCTCTATAATCATTTGTCTA
TATAGAAAAAGCATGAAGCAATTCTAATCACACAAATACATGGAGTTGTCTAGATCAAACAATTAATTAATCAATCATCAATCAAACCAAAGACGTGTAA
GGTCATATAATACAAATTTAACTTGACAAGTTAATGAGTAGAAGATGTATGCAACGATATTTTCCCCGTAGCTTATACTACTGTCGATATATGCGTGTGA
CCATAGTTCACAAGCCCTGTATTTTATGATTTCAAATGTTCGTTCATACATATGCACTACTATAAAAGCCCTTATTGACACCGATTGAGAACCGACCATA
AATACCGATCGATTTTCCAGCCGGTGTCAATTTAACGGTACCAATGCACAACCATATAGGTACCGATTTTAGAATCAACGCCTATAGAGATTACCTGCTA
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TTTTGGGGCAATCTCTGTTTGAGCCAGCATCTCAGCTATGCATGGGCCAGCAGCAGCTCAGCATAAAATTGGTCCCTGAAAAGTGTAAAAGTTACAAGTG
GTTAACCGGTTACTTGTCCAGCAGAAATGGTTTGGTTTGGTTTGCCATCATGTCGAATGTACTTCTGGTTCTTAAATAGTACTCTCTCCGTTTTTTTTAA
TTATAAGTCATTTTGTTTTTTAATTTTTTATTTGATAAATTTATAGAAAATATTAGCAATATTCACAACGTTAAATTAGCTTCGTCATTACATGTAACTT
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TCCCCTCCTCGCCAAATGATCTTTTTAAAAACTTTTTGGTAGACTTTTCTGGCCTCGGATAAAAGCGTGTACCTTTTACTTGAAGAAAAATAATAGCTCA
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CATTTTTTATATGTATGTTTATCATAATTTGCATAGGTCCCTTTCATGGATCATCCTTTTGTCATCCTAGCCGAAAGGGCGGCTGGGCTGACCTCCTTGG
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CTTTTCTGCCTAATCTCCACCCCAGATTCTCTCCCAGGTTGAGAAAAAGAAGAAAACCTAGAAAAAAAAGTGGCTTTCTGTGATGGACGGTTTTGTTTGG
CGTGTTTGGCTGTGGCCCTCTATATCACTGCTGCTCTATCTATCTATCATTCTATCTCTGAACTGTGCCACTGTGCTACTGTGCTCCTGCTTTAGCCTTA
GGGGCTAATAAAACCTTGTCAAGTTGCAATTTGTGTGGTGATTATGCTCTGAAAATCTTAACAGTGCCTGGGGTGGCAGGGTCATGACAAGGCACTTTTG
CTGTGTATCTTGGTGTGGGGTTTTCATGTCCACTCGTAATCAGAAATATTTCCACATGTTTCTGCATAAAAAGCAT