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Detailed information on CNT30110600


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE:
NONORUT003038, E-value = 1e-81

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30553227Oryza longistaminataOryza glaberrima60.2336.2498.221743forward
CNT30575570Oryza longistaminataOryza barthii60.2342.0298.111743forward
CNT30118033Oryza longistaminataOryza nivara49.0746.3698.171420forward

Expression of CNT30110600

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (34 aa)
MKPDRASQMGLHHSLPLFAETINTLAWMMVQLNN*

>peptide 2 (39 aa)
MLVSLQFTCEGDMKSGMSNSCVFASFSGHTYFHPFCSKQ*

>peptide 3 (33 aa)
MVCILLNFAEVNPPEISRVHEILLFFLIFVQWH*

>peptide 4 (34 aa)
MDDGSIEQLGTAIPDERGIGLFEFSSVLCNKLPL*

Sequence

>CNT30110600
AAAGGTTAGTGTTCTGCTATCGAGTTTATTTTAGATTGTAGCAAATAGAGATTTAGTTAATTTTTAATCAAATGTGAAGCAGAGATTGACAATTGATTTC
ACAACCAAATGAAAGGTAGTGTTTTTCTAGGAATGCCATCAGGGGCGCGGATCTGAGTGTAGTCAAAATCCTTCAATTTTTCAAATCCGTTTGGTAAAAG
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ATTTATATTCAGTGTTTAAGTCGATATATTGACCACAGATTTGGTTTATATCAGTAAATGGCCATGTTTTTTTCCCAAGTTATGTTTCTAAATATGTAGA
CTGTGGTACGATATTTATAAAGTTCAAGTTGTCTTTGTTTCCCAGAAAATCTTAGGTCTAGCAGACTTACTTAGTTTCTGTTTACAAATGAATAATCGGG
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TGTTTTGTTAGCTCAAGATATGGTGGAATATTTACAACTGTTTTAGTAACTCCCAGATAATCTTTCTCTACATACATGCATAACTAATTTCTCTAGGATA
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TGTGTGACGTCCTGACTAATCTGATGGGCCTATACTGCAAACCTTGCTAGAAGGGCACCCCTACGACCTTTTCTTCCATTTACAAATGCTTGTGTCTCTC
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TAGTTTATGCTCTTACTCCCAAATAAAAAACAAAGTACATGGTCTTACTATTTGACCGTTTGATTAATTATATAAGTTTCTGAGAAAGCCCTGAATTCGA
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GGTTCAATTGAACAATTAGGAACTGCAATACCGGACGAAAGAGGAATAGGCTTGTTTGAGTTTTCTTCAGTTCTCTGCAATAAGTTACCTCTTTAATTAT
ATGGCTTCAAACTTTTTCATATTCCCGAGAGCATGTCTGTATGGCACCAAACTGTTCACCTGAGCAAATGGTGCAATAATGAATATATAATATG