Detailed information on CNT30107829


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE:
NONORUT000903, E-value = 0.0

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30694192Oryza longistaminataOryza sativa81.5874.7293.211457forward
CNT30554464Oryza longistaminataOryza glaberrima68.8142.0293.571229forward
CNT30596243Oryza longistaminataOryza meridionalis29.2394.0590.61522reverse complement
CNT30371405Oryza longistaminataOryza glumipatula39.5972.3693.92707forward
CNT30103203Oryza longistaminataOryza rufipogon31.8694.0591.74569forward
CNT30576894Oryza longistaminataOryza barthii44.3496.8295.71792forward
CNT30115482Oryza longistaminataOryza nivara34.27101.6693.63612reverse complement

Expression of CNT30107829

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (59 aa)
MLILTIINQTSVEEKGSRRRRRLAYTPVELPVGVELKPSLDRYSAAVFLLVCKYVALLL*

>peptide 2 (50 aa)
MIQERCTVVSCVVQRVLSQPLFGYFPVSRRMVDMMLRLCLVGTVVHLWPE*

>peptide 3 (58 aa)
AEAEARRSAADAVKPSPSPLRSRRRPSPVVVRRRAAPHLSFPSLRRFVSASEDIQKIN*

>peptide 4 (70 aa)
MVLMVVLMTIKDRFASYCCETLTVPTTSQHGQRLYLLYSMVHCGAPDCEAARSPWGSLGSPLPLVLRGRL*

>peptide 5 (47 aa)
PKPKPAGAPLTPSSRARRRFDLVAGRLPSSFVVVPPLTCRFRRCEGS*

>peptide 6 (47 aa)
MSPGGVNLFLCYGQFALNTLFLDILGNKLISLNLIYWFGSAKCYIYI*

>peptide 7 (43 aa)
MFFVISLTPLTVIINAITGNNLFSSWFGVRSVQPGMVVQNGWA*

>peptide 8 (42 aa)
MLLLQMSLYYAILWYPCALAYLLCDLLSMSYAHSYNNQSNLG*

>peptide 9 (40 aa)
MLILYLNSLFISTVHLFSNVTGWCEPIPLLWPICIEYPFP*

>peptide 10 (40 aa)
MIDLYIKLSICVLRLIPGRGFYAQISSEITSEFPGVTHMS*

>peptide 11 (36 aa)
MGNGFTFCIAWFIAGRQTVKRREVRGGRWGVHCLWF*

Sequence

>CNT30107829
GGCCGAAGCCGAAGCCCGCCGGAGCGCCGCTGACGCCGTCAAGCCGAGCCCGTCGCCGCTTCGATCTCGTCGCCGGCCGTCTCCCGTCGTCGTTCGTCGT
CGTGCCGCCCCTCACTTGTCGTTTCCGTCGTTGCGAAGGTTCGTGAGTGCGTCGGAAGATATTCAGAAGATTAATTGAAGACCGATTATTGCAAGGCAAG
TCACACAGATCACAAACACAATCCTTTGAGCATGTTGATCCTATATTTAAATTCTCTATTTATTTCAACTGTGCATTTATTTTCGAATGTCACCGGGTGG
TGTGAACCTATTCCTTTGTTATGGCCAATTTGCATTGAATACCCTTTTCCTTGATATCTTGGGTAATAAATTGATTAGCTTGAACCTTATATATTGGTTT
GGTTCAGCTAAATGCTATATATATATATAATTGCTTAGCCATGCTTAGAAACATTAGCTCATTAATGGGATGAATCATACTATATTATTAATTATGGTTA
TATTTAATGGTAGCTCACGATGGTTAATCGTGTGATGTTAATTAATTGATAATTAAAACCTGGTTAAGGTGGGTTGTGAGCATATGGTTTTGATGGTCGT
GCTCATGACAATTAAGGACCGGTTCGCGAGCTACTGTTGTGAAACATTAACCGTGCCAACCACAAGCCAGCATGGGCAACGGCTTTACCTTTTGTATAGC
ATGGTTCATTGCGGGGCGCCAGACTGTGAAGCGGCGAGAAGTCCGTGGGGGTCGCTGGGGAGTCCATTGCCTCTGGTTTTGAGGGGGAGATTATGATCCA
GGAACGGTGCACTGTGGTGAGTTGTGTTGTGCAGAGGGTATTGTCACAGCCTCTATTCGGGTACTTTCCAGTATCGCGACGCATGGTAGACATGATGTTG
AGGCTGTGTCTTGTGGGTACAGTGGTACACCTCTGGCCAGAGTAAAACTATTCGAATAGCCGTGCCCGCGGTCATGGGCGAGTTGAGCAATGTTTTTCGT
GATTAGTCTCACACCTCTCACAGTAATTATTAATGCTATAACTGGTAATAATTTGTTTAGCTCCTGGTTTGGAGTTAGATCTGTACAGCCGGGTATGGTT
GTTCAGAATGGTTGGGCCTGAGCAGCATGGACGTGTTGTTCAGTGTTGATTAAAATTAAGATTAAATTACTCTACTATTTCACTACTCTTAAATGTTTGC
TAAATGCTGCTTTTGCAAATGAGCCTATATTATGCCATCCTTTGGTATCCTTGTGCACTTGCATATTTGCTGTGTGACTTGTTGAGTATGTCATATGCTC
ATTCTTACAATAATCAATCAAACCTCGGTTGAAGAGAAAGGATCCAGAAGGAGAAGACGTTTGGCTTATACCCCAGTTGAGCTGCCTGTGGGAGTGGAGC
TGAAGCCATCGCTAGACCGTTATTCCGCTGCTGTTTTTCTTTTGGTTTGTAAGTATGTAGCATTATTATTATGATAGATTTGTATATTAAATTGTCAATT
TGTGTACTTCGGCTGATTCCTGGACGAGGGTTTTATGCACAAATAAGTTCGGAAATTACTAGTGAATTTCCGGGCGTGACACACATGTCATAAATGGCCG
TTATGGCCCCTCTGTATAAAGAGGATGGTTAGAAGAGACATTCACACCAATGCAACTCATTTTCAACACTCCCTCCCAAATTCTTTTGCTCTCTAAGTTT
GTTTAGCCTATCTCAACTTTCATTTGCTGCATTTAGCTAAGGCATTTTGCATATACAAGTTTTGCTTTAGTTTGGTGCAAGGTTAA