Detailed information on CNT30106952


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE: nothing found

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30552988Oryza longistaminataOryza glaberrima33.4144.6597.641782forward
CNT30371309Oryza longistaminataOryza glumipatula5.4430.8883.1290forward

Expression of CNT30106952

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (38 aa)
MLMAILLENNGAETPLQIKGVACLLCNSIWPKSILLSV*

>peptide 2 (36 aa)
MGRSIKLIVDSGMTLYLRDELLSLIEMPASELLETD*

>peptide 3 (85 aa)
MKMYGQFALLQVLKHYQFVAFVDKLVLGFGEVILAVPEIHIIPHNNQLILFQLLSLHSVEHGLPLIFFALGSEKGEIHLAYSCLL*

>peptide 4 (73 aa)
MLECMDLITCTYVPEFYLFIYLLSISMSNCMDIKVVFENFHLINSFICFECIFKGNMKYSLHLLLIVIFHLDT*

>peptide 5 (92 aa)
MEQWGLARALSVSYIQFFPPDNQYPSMEGWSSACSYINERMICCTSLDLLQNPGLYNFNWNHKRGIWHGQKYQANSRFGDDTISERRTLVLN*

>peptide 6 (40 aa)
MLEAEVDASMHRITLACWDLANGLTCKGIVRMVSECCLSM*

>peptide 7 (39 aa)
MLNILHFVQAQISNPISSWLHFGLCLFGGIWLELLTFRS*

>peptide 8 (47 aa)
MRDQECRISLSLILFQNYQVFFILAKLGLHPLAKLCCQQNLNYWERN*

>peptide 9 (44 aa)
MVQKPHCRLKVLLVYCVTVFGPKVFCYLSKSCPFSFLKIVNASC*

>peptide 10 (35 aa)
MMENMLRTFLAPGVSEVKVALSIIVSRYLVYLHFW*

>peptide 11 (35 aa)
MLEGVFHQHSLMMRSRKFKIAFCELLTSCGFAIYH*

>peptide 12 (30 aa)
MSESYTNCSVESWQFAECVFYSCFCLVGFT*

>peptide 13 (34 aa)
MGVSEGFVCELYSILSSRQPISIYGRLEFCLFLY*

>peptide 14 (29 aa)
MSSITREKVLNYKIKSVCAYWILFSSISH*

>peptide 15 (29 aa)
MNLLSLETVMCFQSFQLIKSRSTLRAMAK*

Sequence

>CNT30106952
GGCTTGTGAACTGGTAACGTTAAGTCCGTAACGGGTGGGGTTCGGGAGTTCAAGAGGCGCTCGTGGTGGCCGAATTGGGGATCCCAACGGTTAAATCACC
GCCAAGAAATTCGACCTCGCCTACCTTCTTGGTCGAATCCACCGCGCGCCTGTCGGAGTTGGGCGGCCGCTTGCCGGAGTTGGGCCGCTGCGTCGTCGTC
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TGTGTTGTCCTGGCAGTGAGATCAGCGGTTTGAGCGGCGTGTTGAGATGTGTGTTCTTTTTTGTTTTTGCGGCTAGTGCGATTCGAACAGCGGGTTGATT
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ATTTGTCTGGTCGGTTTTGTGGTGACATGTGGCCCATATGCCTAAGAATATGATTTGAGCAGTGGATTGATTTGATTTGGGTTGGCTTTAGCTGTTCATA
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ATGCTTGAATGCATGGATCTCATAACATGTACATATGTGCCTGAATTTTATTTATTTATCTATTTACTATCTATAAGTATGTCTAATTGCATGGATATAA
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TGCAGAAACCCCATTGCAGATTAAAGGTGTTGCTTGTCTATTGTGTAACAGTATTTGGCCCAAAAGTATTTTGTTATCTGTCTAAGTCTTGTCCTTTTAG
TTTTCTAAAAATTGTGAATGCCTCATGCTGATAGAAGAATATAGAGTTTATGAGAGTTGATCAGATTCTGTGAAGAACTAAATGAAAATGTATGGTCAGT
TTGCTCTATTGCAGGTACTAAAACACTACCAATTTGTTGCTTTTGTTGACAAGCTTGTTCTTGGCTTTGGTGAAGTGATCTTAGCTGTTCCAGAAATCCA
TATTATACCACACAATAATCAATTGATATTATTTCAGCTATTATCTCTTCATTCCGTAGAACATGGGTTGCCGCTGATTTTCTTTGCACTTGGAAGTGAA
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GAAGCATATTAAGTTGACTTGTTGAAGCCATCTTTTGTCTACATCCAACCCAAGGGAAGCAATACAACACGTTGGAGGAGCCTAGAAAAAAAAAGATTGA
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GGATTTTATTTTCCAGCATATCCCATTAAGGACTGCTGCTTGTGGGAAGAAAAAAGAGGCTAAGCTCATGCTTGAAGCAGAGGTTGATGCTTCCATGCAT
AGAATCACTTTGGCCTGTTGGGATTTGGCAAATGGGCTCACTTGCAAGGGCATTGTAAGGATGGTATCAGAATGCTGTCTTTCTATGTGAGTACATGATT
TTCTAGTTTAAGATATTTCTTGTTGTCATATCCAATCGAGTTCTTCACTGCAATTGGGTGCGGTCGTGCGGATGTGCAGGTTCCTCTTCTACTAGATGAA
TTTTCTCAGATATATACTTTAGCATTCCTAGCCTTTCTTTCAATGATTTATCTGTCTACCATAGTGATGTATAAGTAATCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTG
TGTCTGCATGCACGTATGTTGTTAGTATCGGGG