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Detailed information on CNT30105855


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE:
NONORUT002113, E-value = 8e-164

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30104422Oryza longistaminataOryza rufipogon34.1565.699.02307reverse complement
CNT30550395Oryza longistaminataOryza brachyantha12.5728.8393.81113reverse complement

Expression of CNT30105855

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (33 aa)
MQYVTSPLMMHIYVCTDVSRIECWYTCKHLNYS*

Sequence

>CNT30105855
GTTAAAAATAATAGGTCTACTGATTTAAGTAAAAATCAATGGTGAGATGATTTTCTTTTTTCTAGTATTTTTTTCTAATTTATTAGAGCGCCACGTGGCG
ACTTAGGAGCGTTTGTAGAGCGCTACGTGGCGGCTTGAGAGCGTTTATAGAAAGTTTAATGGATTTTTGGTATATAATAGATTGGATGAGTAGTTCAATG
TTTCCTCTAGTCTCCAGTGCCATACATGTAATTTCAGTGTAAAATGTTCAGTGTAAAAAAGATAGTGGGACATGAATTACCTGTGACCCACAACATTATC
CATCCAGTACTCCAGTACCTAGGGATATGATATTGTTGTATATGTAATTGATGATGCACTGTCTGAACTTCAGATGCAGTATGTGACTAGTCCACTGATG
ATGCACATATACGTATGCACTGACGTAAGCAGAATTGAGTGTTGGTACACATGTAAACACCTCAACTATTCCTGAATAAACTTTCTCATCCTGGTCTGAA
GGGTTAAATGAGCAACATTTTTATAAGCAGTAGATTAAAAAAAAAGTTGCTCTGACTAAGAAAGGGTGAAAGGTATCATAGTTTTTGTCTTCATGTCTAC
TGAAACTTTTAAGTCCCTATCACATTGGATGTTTAAAAATTAATTATAAATATTAAACGTAGACTATTAATAAAACTCATCCATAATCTTGGACTAATTC
GCGAGACGAATCTATTGAGCCTAATTAATCCATGATTAGCCTATGTGATGCTACAGTAAACATTCTCTAATTATAGATTAATTAGGCTTAAAAAAATTAT
TAAGCGAATTAGGTTTCATTTATGTAATTTGTTTCGTAAATAGTCTATATTTAATACTCTAAATTAATGTCTAAATATAGGGACTAAAGTTAAGTCCCT