Detailed information on CNT30104613


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE:
NONORUT000678, E-value = 1e-78

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30697530Oryza rufipogonOryza sativa45.242.299.441239forward
CNT30555565Oryza rufipogonOryza glaberrima30.5439.7699.16837forward
CNT30371506Oryza rufipogonOryza glumipatula30.5427.3498.57837forward
CNT30110392Oryza rufipogonOryza longistaminata22.0448.0193.54604reverse complement
CNT30578599Oryza rufipogonOryza barthii30.5427.5498.81837forward
CNT30117986Oryza rufipogonOryza nivara30.5441.6699.64837forward

Expression of CNT30104613

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (31 aa)
MNADMNKPMNCITEIKITLISLVLIYAYMLN*

>peptide 2 (33 aa)
MEPKVSKLETIKSGVIITAGSWFNTCTYGILTF*

>peptide 3 (63 aa)
MEIQGLSLFGTEGVTFFGTEGVTLLSYLLLQLLLLFLAEPYYSTTVATAANAVPRGRLPAKAT*

>peptide 4 (59 aa)
SRSLLSLALWRTRAAPPIVGCVAAASAWLAGKVPPPPLLPPLPFLQSSLPLFPSLNLSI*

>peptide 5 (63 aa)
MFYHLTTMKILIIKNFHIRRTVKRWHGNTGFVSFWDGGSNFFWDGGSNSAKLLATTAVVALLS*

>peptide 6 (33 aa)
MWFSSSFKNPSLLFYCCSSGSKGDSPPWPFLYW*

>peptide 7 (69 aa)
SLSSLPGAVAHKGCAPNCRVCRRRLCLAGRQGAAAAASSSSPLPSILSSPVSLSKSLYIAHLPFSPLLP*

>peptide 8 (38 aa)
MQTQIHNLLISHAILQIKLLIIYDVFSIKSGLSFINFK*

Sequence

>CNT30104613
TCTCGCTCTCTTCTCTCCCTGGCGCTGTGGCGCACAAGGGCTGCGCCCCCAATTGTAGGGTGTGTCGCCGCCGCCTCTGCCTGGCTGGCCGGCAAGGTGC
CGCCGCCGCCGCTTCTTCCTCCTCTCCCCTTCCTTCAATCCTCTCTTCCCCTGTTTCCCTCTCTAAATCTCTCTATATAGCTCATCTTCCCTTTTCTCCT
CTACTGCCCTAGTTAGTATTATCCTCAATCTCTTCAACTTCTGCTCTATGCTAGTGTTTATCTCTCCTTGGTGATGTCTGTGATAGCGGTGGACTAGTGA
TGCTGGTTGTATATAAATGATCCTAGTGGTCACTTGATTTTTTTTCTATACTCAGGGTTGTGCTTACTGATTTCAGGGTTCTTACGTTTGACTTGGTTTG
GTGAATAATGTCTATATGCTCATGATAAATGAATGCTGACATGAATAAACCTATGAATTGCATTACTGAAATTAAAATCACACTAATATCACTGGTCCTT
ATATATGCATACATGTTGAATTAACTGAATCTTCTAAAACTGGTGACATACAAGCAGGATCAGATCTTTGACTAAAGTCTTATTAATTTACATGGTTCTA
CACTTTGATAATCATGGCAATTTCTATCTATACATATTGAATTATTGGACTGAAGATCCCTAAAACTTGAATCTTGAAGTTAATAAATGATAATTTGTTT
CTCTAAATAATTTACTACTAGTCTATATGTCCAGAATTTCATCTCTATATAATTTATTAGATTAGAGTTATTGATAGATTATATTACTTACATTTGTTTT
ATTATGAGACTATGCTCTAAACATTTACTCTCCTGCACATAATAATCTGGTAAAGAAACTTGCATGTTCTGTTAAGTCTTTACGATTTAGTACAACTATT
ATTACTTTAACACTATACATGCTTAAATGTACATCCAGATTCATCCTATGACGTCTTTTCTGAATTTTGTAGTAAAGAACTAGATACATATGCAAACCCA
GATTCATAACCTACTAATTTCACATGCTATCCTTCAAATCAAACTATTAATAATTTATGATGTTTTCTCTATTAAATCAGGGTTGAGCTTCATTAATTTT
AAATGAAATCAGATTCATAGACACAGATCCTAACCCTTCCAGGAATATGCACATGTCAAGGTTATGCCCTGTTTGCATGACTAGAATATGAAAACTTACA
AATTCTCATGCATGATCAGTTTCTTCTATACATGCTCTATTCCTAAATAATTTATATCATGAACACTAGTTGATTTATTCAAGAATTAGAGCTACACATG
CTTATTGATGCTATCAAGATTTCATATATTATAATTGATATACGTCTATATTAAGATTTAAAGACATACATTTATCTTAAACTATAGCCTCCTAATTTTT
GTCACTTATATTCATTTGGAATTTCTAAGGTTTTGGTCAGTATGGATGGTGCATATATCTGTATGAAACTCTAGCTCTAACAAATGCTGTTACTATGAAT
GCAGGATCTACTCTCCTTCCCTATTTTAATTTTTGGTTACCTCTGATGATTCTACAGTGATTGAAAAATATGTGGTTCAGCTCCTCCTTCAAAAATCCAA
GTCTTCTCTTCTACTGCTGCTCTTCTGGATCTAAAGGTGATTCTCCTCCTTGGCCCTTCCTCTACTGGTAATACTTGACTGCTTCCTGACATCTTTCTTG
ATCTGCTACTGGTGATTCTCTTCCTCCTCTTGAGACTGATCCTCTTGCTTGATTATTGCTGCTCTATCTTGCTTCCTAACCTTGGTAACATCTTCTCCAA
GAGCTGAAACCCCTGTTCATCCAAGAACAGAACACCCTGCTTCTCCTTTTACTCCTCTGACCTCCCTCTCTCTCTCTCTTCCTGATTGTTTTTACTATGG
ATACTATGCAGCTATGGTTAATTGATGTATTGGTTTGTGCTGGATTTCACTGAGCTGCTCCTCTCTCGAATGAACTACTCCCTCCTTCCAAAAAAAGACA
AACCCTGATTTCCGTGTCCAACGTTTGACCGTCCGTCTTATTTAAAAAAATTATGAAAAAAATTAAAAAGATAAGTCACGCATAAAGTATTAATCATGTT
TTATCATCTAACAACAATGAAAATACTAATTATAAAAAATTTTCATATAAGACGGACAGTCAAACGTTGGCATGGAAATACAGGGTTTGTCTCTTTTTGG
GACGGAGGGAGTAACTTTTTTTGGGACGGAGGGAGTAACTCTGCTAAGCTACTTGCTACTACAGCTGTTGTTGCTCTTCTTAGCTGAGCCATACTACTCT
ACTACTGTTGCAACTGCTGCTAATGCTGTTCCTCGAGGTCGTCTCCCAGCCAAAGCAACATGATGGCTAGTCTACTAGCTTGGCTAATATTTGTATGTAA
TTTGTGAGGGCATGGTGATGCAGCTGCCTGCATGTCGGTTTGGAAAAGGACTTGCTGCCACCTCATTTTTCACCTAATCAATTTGGGGTGAAAAAAGTAA
TTTCCTCTTTGATGTCATTTTGGTGATTACATGGAACCTAAAGTCAGTAAATTAGAAACTATTAAGAGCGGCGTTATAATTACAGCAGGAAGTTGGTTTA
ACACGTGTACTTATGGAATTCTTACATTCTAGTCCTTAAGGTTTTATAATATTTAAGATTTTACTAGAGCTCGAGGACTGATTTGTAATTGCTCTATGAC
TGAAGAGTTTTTCTGAAAAATAAATAATTATTGAATCTTTG