Detailed information on CNT30104193


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE:
NONORUT005738, E-value = 6e-67

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30106461Oryza rufipogonOryza longistaminata60.8237.2196.21871forward
CNT30117916Oryza rufipogonOryza nivara57.1259.6299.02818forward

Expression of CNT30104193

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (71 aa)
AAFLPPPAPSLRRRRWCSVAGRHHHRRRCAAAPFSAAVRWIDLQSSSSQQLGGRAGRAEKSRNWEEERQGT*

>peptide 2 (51 aa)
LPRFYHHRRRLYAAAVGAVSPVATTTVAAVLLLRFLLLFGGLICRAAVANN*

>peptide 3 (41 aa)
CRVSTTTGAVSTPPPLVQCRRSPPPPSPLCCCSVFCCCSVD*

Sequence

>CNT30104193
CTGCCGCGTTTCTACCACCACCGGCGCCGTCTCTACGCCGCCGCCGTTGGTGCAGTGTCGCCGGTCGCCACCACCACCGTCGCCGCTGTGCTGCTGCTCC
GTTTTCTGCTGCTGTTCGGTGGATTGATTTGCAGAGCAGCAGTAGCCAACAACTAGGGGGCAGGGCAGGAAGAGCAGAGAAGTCAAGGAATTGGGAGGAA
GAGAGGCAAGGTACCTAATGACATCGATCAACATGGGGCGGGAGTAACTCCCTTGGACTACACATTATTATTGCACACAACTGAAATTTAGTTTTAGATT
ATACTTTGCTCAGCATAAGTTTTGCATAGAAGTTGTAAGGGTCATTAAGGTTCTGATTCTTATTTTTCACGTGGGATTTGTGGAGCTAGGATGGTTTGGA
TTGTGTGGATTATATCGGTATTGACTTTTCTTATAACTGCCTGTCGTGGATGTCCATATTTTTAGGGGAGACTGGCGAAATTTCTAATAATTTTAGGATT
AGTTTTTGAGTGTATTTTGGTATGGCATTCTAGGTACGTGGTTACTGGGGGTGTTACAGCGTCAACCAAGAATCATGCCATGATGTGATTTCAGTTCCAT
TTTAATCTTCTAATTACCTGCCATGATTTTAGGTGACTGATATCTGGTTCCCTTCTCTAGTTCTCTTGTTCTGCAGCTGCTCCTCTGGATTCTGATTCAA
GGATTCTCCCGATGGAACTCTAATTTCTCCTCTTTAAACTCGGGCACCTCCAGATTGATTTGTACTATGGCATACTAATCCTGGAACTAAAACTCCTTTC
TTTACTTGAAACTCAGCTATGGTTAATTGATGTATTGATTTGTGCTGGATTTCACTGAGCTACTACAGCTGTTGTTGCTCTTCTAAGCGGAGCCATACTA
CTCTACTACTGTTGCAACTGCTGCTAATGCTGTTCCTCGAGGTTGTCTCCCAGCCAAAACAACATGATGGCTAGTCTACTAGCTAGGCTAATATTTGTAT
GTAATTTGTGAGGGCATGGTGATGCAGCTGCTTGCATGTCGGTTTGGAAAAGGATTTGCTGCCACCTCATTTTTCACCTAATCAATTTGGGGTGAAAAAG
GTAATTTCCTCTTTGATGTCATTTTGGTGATTACATGGAAACTAAAGTCAGTAAATTATAATTACTGCAGGAAATTGGTTTTATACGTATACCTATGGAA
TTCTTACATTCTAGTCCTTAAGGTTTCATAATATTTAAGATTTTACTAGAGCTCGAGGGCTGATTGGTAATTGCTCTAGTTTTATTTTCATTTTCACAAT
TCCTCTATTGATTTGTATATAATAGCTATGAGTTGAGTATGTTACAGAACATTTGCAAAGCATAATATGGATGTATGCATGCATGCATGTATGCAGATAT
ACACTGATCATTTGTGAATAAAGTGTCGTAAC