Detailed information on CNT30103030


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE:
NONOSAT000009, E-value = 2e-35

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30694877Oryza rufipogonOryza sativa5.8326.3787.04216forward
CNT30554719Oryza rufipogonOryza glaberrima8.0721.5787.29299reverse complement
CNT30109648Oryza rufipogonOryza longistaminata5.4828.9287.19203reverse complement
CNT30577325Oryza rufipogonOryza barthii8.0721.587.63299reverse complement
CNT30556999Oryza rufipogonPanicum hallii3.1321.0585.34116reverse complement

Expression of CNT30103030

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (30 aa)
MMMMRYCMNGCKHDAAAFCLGISNGVCMHV*

>peptide 2 (69 aa)
MYTPFKKKPVVANLHTHKLSLYFFLLLSPTIWHSSILHISLTYCHFLNYLVSNIYKLTLNREISNMIKN*

>peptide 3 (64 aa)
MHALAKLLHLYAYFSSFSLDRTHLPSLVYVLAWPDPRPKPKHAIIALVGLERVALMSLLLAGFG*

>peptide 4 (30 aa)
MNMLISRIAQKLCSLHALTFDNHIFSVSNR*

>peptide 5 (37 aa)
MFQSSRNREQLKLFLKKKTSTIMCTNVFKFKRLTTYV*

>peptide 6 (53 aa)
MLAVDQCGTYVEQLFFERKITVLLKNENKRKKYNHASLNFEVERATNLRITPN*

>peptide 7 (60 aa)
MHQISTLSSQLLHLLSRHIDLILFILFHYMICDVPVFQKQRATKTFFKKKNFDDYVYKRV*

>peptide 8 (64 aa)
MCSLLWSLSGKQPFVFLASRSLSVRPHNTCKNALDNLIKSHCSLLATQNMNKLINQELTSWKPK*

>peptide 9 (36 aa)
MLWAVIGQRILAHNKTNSSLSLAQEHTILILAKLVI*

>peptide 10 (32 aa)
MKDVGNKENSVSTVTNNILFALYFIQSKATCN*

Sequence

>CNT30103030
GTATTTTTGTGTTGTCTTTGTAAGTGTCATTGTCTCCTCTCCCCAACATCATCTTGGCTGAATCTATGAATTTCATAAACAAGGGTTTGGTCCTCTTATT
TGATGATGGATTGATATGATGATGATGAGATATTGCATGAATGGTTGCAAACATGATGCAGCAGCATTTTGCCTAGGTATTAGTAACGGTGTTTGTATGC
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GTATTATAAATAATGTATACTCCGTTTAAAAAGAAACCGGTGGTAGCGAATCTACATACTCACAAACTATCACTGTATTTTTTTTTACTGCTGAGTCCTA
CTATTTGGCATTCTTCGATATTGCACATTAGTCTAACATATTGTCACTTTCTTAATTATTTAGTCTCTAACATATATAAATTAACACTCAACCGCGAAAT
ATCTAATATGATTAAAAACTAATTAGTAGAATATAACGTAAAATTGTTGCGTGCTTCGTGTAAATAAAATATGAAGGATGTGGGCAACAAAGAAAACTCA
GTTTCAACTGTAACTAACAATATCTTATTTGCTCTTTATTTTATCCAAAGCAAAGCCACGTGCAATTAGCTATATTTATCTAAAATCCTTAAGTATGTTC
TTCCTCGGTAGCTTAGTGGTTGAGCGGTTGGCTGGTCGTAGGTTTGAATCCAAAAATTATTGAAAGCTACATGTACATAAGATCGGATTAAAAAAAGAGT
GAATTTTAGATTGGACCTTTTTCCTTAGCGAAGTTTTACATAAGAACTCCTTTAGCATCTTTTACTTTCACTACAGATACCATTTTATTTACCCCTTTTA
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TGTTTGGATCAGGGACTAAAATTTTAGTCTCTGACACATCGGATGTTTGACACTAATTAGAAGTATTAACCATAGACTAATGAAAAAATTCGTTCCATAA
CCCTGGACTAATTCACAAAACGAATATATTAAGCCTAATTAATCCATGATTAGCCTATGTGATGCTACAGTAAACATGTGCTAATTACATATGGATTAAT
TAGGCTTAAAAAATTTGTCTCACGAATTAGCTCTCATTTATGCAATTAGTTTTATTATTAGTCTACATTTAATACTTCTAATTCGTGTCCAAACATCCGA
TGTGACAGGTTTAGTCCCTGGATCCAAACACCACCTAAAGTAGTCAAGAACAAGAGGAAAATCTTGGCAAAAGAAACAAAAGAAAAAAAATAAGGCCCAA
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CGTCTTAATTTTATTTTTGTTTAATTCTCAAAAAAAGTTATTTTTGTTTAGAAATAATTAATTTAAAAATCAAGTGAACGAGATTTCGTAGCAACTTGCG
TTTTTTCGGTGATTTGCTGCTTTTATGCTTGCAGTTGATCAGTGCGGTACATATGTAGAGCAACTTTTTTTTGAAAGGAAAATCACGGTTCTTTTAAAAA
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TTTCACTACATGATATGTGATGTTCCAGTCTTCCAGAAACAGAGAGCAACTAAAACTTTTTTTAAAAAAAAAAACTTCGACGATTATGTGTACAAACGTG
TTTAAATTTAAACGTTTGACCACTTACGTCTGAAAAAAGGATCTTGATTTGATGCACAAAAGCTGATTAATTATGGCATACATTGATCGACAGAGTTATC
AGGATTGAAGCTTTTCTTCATTCTGTTTTATTTTCGGCAGATACTCCTACAATCCTGGCCTCGTTAGGCCCGACTAATGCTATGGGCTGTGATAGGCCAG
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CGTTTTTTATTTTATAGCACCGAAAAATACCAGTTTACTTTAATAGCATCTAAAGTTCACTCCATTCCTATTTTTAATACTTCTGTCAATTATCGATCGT
TTTCGTCCGCCTTGAACGCTATTGACCTAGCCACGCACGTTATATAACATTTCTACCCCTTACAAATACAAGTAGAATGCATGGCAATGAGGAGTAGAAA
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GGTGCTATTAAAGTAAATCGGTATCTTTCGGTGCTATAAAACCAAACATGTGAACTTTCGATGCTATATAAGAACGGTAGGTGCGATATAGTGCAAGAAC
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ACTGCTAGATCGTTGGCTCATGAATTCATTTTTGTGTTTTGCCATTTTCGTCACCCGAGACAATGAATATGTTGATTAGTCGAATCGCTCAAAAATTATG
TAGTTTGCATGCACTTACTTTTGATAATCATATATTTTCAGTTTCAAATCGATAGATTATTTTATTATTATTACTAAGCAATTAAAAGCAATACATAATA
CATCTATATCCTTGTGGGGATGGCCTGAGTGGCTGGTTTTTTATATAGCATAAAAAGTATAGTGTGGAATATTGATATTTTAACAAAAATGCATGCACTA
GCCAAGTTATTGCACCTATATGCTTATTTTTCAAGTTTTTCATTAGATCGTACCCACCTACCAAGTTTAGTTTATGTACTGGCGTGGCCCGATCCTAGGC
CCAAGCCCAAGCACGCCATTATAGCCCTTGTTGGCCTAGAAAGAGTAGCGCTCATGTCCCTTTTGCTGGCTGGGTTTGGATAGAGAATTGAATTTCGGTT
ACAACAATTAACAAAATGGAAAAAGTCCATTTTGAGTCTCAACTATTACCCATCTAAAGGCCTCATCCGTAAGCAACATGCGTAGGTTGATAACCCAAAG
TTGC