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Detailed information on CNT30100547


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE:
NONORUT002853, E-value = 0.0

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30691196Oryza rufipogonOryza sativa76.7810099.821098forward
CNT30596782Oryza rufipogonOryza meridionalis21.4739.4190.88307forward
CNT30115942Oryza rufipogonOryza nivara98.9597.6598.731415forward

Expression of CNT30100547

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (40 aa)
MINIVLVIHLLAWLFPSCTCDTSTWLVRWDNLKLFVNFLN*

>peptide 2 (70 aa)
PPSSSYLFFLVLPFSPSRLTLSQCRRFLGSAGDAAALPSAGYRAPLRRPLKQMSRSRESVYWLHASLPLS*

>peptide 3 (38 aa)
TTFFILSLFPRSPLLSLTAHALPVPPLLRQRRRRRRSP*

>peptide 4 (33 aa)
MVVTTTAAAAACFGLHDQPETWVGNDSHKLFYQ*

Sequence

>CNT30100547
CACCACCTTCTTCATCTTATCTCTTTTTCCTCGTTCTCCCCTTCTCTCCCTCACGGCTCACGCTCTCCCAGTGCCGCCGCTTCTTAGGCAGCGCCGGCGA
CGCCGCCGCTCTCCCTAGCGCCGGCTACCGCGCCCCACTCCGGCGACCCCTCAAGCAGATGTCCCGCAGCCGCGAATCGGTTTATTGGCTCCACGCTTCT
CTGCCCCTAAGCTAACCCCAGCCACCAGTCTCCTGCTGCTGCAGCCGCCGTGGAGATGGCTGGTGGAAACACAGCGCAACTCCGGTGGCTGCATCCCTTT
CCCCCATAGGATCTACTCTCCTCCCCTATTTTAATTTTTTGGTTACCTCGGTTGATTCTACCGTGATTGAAAAATGTGTGGTTCAGCTCCTCCTCCAGAA
CTCCAAGTCTTCTCTTCTACTGCTGCTCTTCTGGATCTAAGGTGATTTTGCTAGAACTGAGCTTCTCCACCTTGAGCTTGACTGATTGTTTCCCCCCTCT
TGAACTGAACCCCCATGCTCTACTTGGAACTCAGGTAATTCTCCTCCTTGGCTCTTGCTCTACTGGTAATATTTGACTGCTTCCTGACATCTTCCTTGAT
CTGCTTCTGGTGATTCTCTTCCTCCTCTTCAGACTGATCCTCTTGCTTGATTTTCGCTCCATCTTGCTTCTTGACCTGAGTTTCATCTCTTCCTAGAGCT
GAAACCCTTCTTCATCCAAGAACTAAACAACCCTGCTTCTCCTTCAGATTTGGTTTTCCTCTCTCTGATTACTTGGCCATGGTTACTACTATTGTTGGTT
CATGTATTGGTTTGAGCTGGACTTCAGTTGAGCTATTTCTCTCTGGGTGGAGCTAACACTTAAGCTAATTTTTCCTGGAGCTTGGTTCTATGGTTGTAAC
TACTACTGCCGCAGCTGCTGCTTGTTTTGGTTTGCACGACCAACCCGAGACTTGGGTTGGAAATGATTCACACAAATTATTTTATCAATGATAAATATTG
TACTGGTGATTCACCTGCTTGCATGGCTATTCCCATCCTGTACTTGTGACACCTCAACATGGCTTGTTCGGTGGGATAACCTAAAGCTATTTGTTAATTT
CCTTAATTAATGGAAAATTGGTAGAGTCTGAGGTGTTTGATACTTTTGCACTTGAATCCCTCAAGTCTGGTAAAATTGGAGGTTACCATTAGTTTAGGGA
CTGATTTGTAATTTGTTCTATAACGCAGGGTCCCTTTTTGAAATATTACTAATTACACGATATGTTCTCGGCTAATGTATTTGTACAATATATGAAATGC
ATACTGTATAATAAGATTTTAAATATATAACTATATCCATGTATGTATGGATGGTTGCAAAACTGTACTGATCAATTGTGAATAAAGTGCTATAGCTTCC
ATGGTGATTTCTATTGTGCATAAGTGTTCC