Detailed information on CNT30100008


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE: nothing found

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30574721Oryza rufipogonOryza barthii18.4699.4597.421084forward
CNT30115494Oryza rufipogonOryza nivara38.1959.498.442243forward

Expression of CNT30100008

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (32 aa)
MELRAFYGCESPNMYQTLFSPPRQMIFLKTFW*

>peptide 2 (31 aa)
MSRRCMQRYFPRSLYYCRYMRVTIVHKPCIL*

>peptide 3 (37 aa)
MHNHIGTDFRINAYRDYLLFVTMCYLLFLKHGAINLL*

>peptide 4 (34 aa)
MTRHFCCVSWCGVFMSTRNQKYFHMFLHKKHVLH*

>peptide 5 (41 aa)
MDGFVWRVWLWPSISLLLYLSIILSLHCATVLLCSCFSLRG*

>peptide 6 (40 aa)
MLNGLMLEAMCAHFSLCQPFDLSFSLSPSCVILFSHIYLL*

>peptide 7 (39 aa)
MVWFGLASCRMYFWFLNSTLSVFFNYKSFCFLIFYLINL*

>peptide 8 (39 aa)
MDEHKTGGPHHTSHQSHPTSKISSEFSQSFVVFFYTNHS*

>peptide 9 (29 aa)
MSASRFFISSIYLNQTVEMIVSTNLVRKI*

>peptide 10 (29 aa)
MNIKLVVHTTRVIKAIQHLKFRLNSHNPL*

>peptide 11 (31 aa)
MQAHARRMDGPVHMCEKGSSTFLRPIQIIGP*

>peptide 12 (54 aa)
MDSCLKLCVLTSLSVSHLISLSLFLPHVLYCSLISIFFEVVIYLSKLSCLIICV*

>peptide 13 (92 aa)
MLYPFGFGGSIKLICVNDLFSSKKTSSESVLFFRAAEHVCSVPDQYLCTITCQLLRAFTKKFQLFGETTHLLTQGNKAFFGTRNKKQIISSL*

>peptide 14 (45 aa)
MGQQQLSIKLVPEKCKSYKWLTGYLSSRNGLVWFGIMSDVLLVLK*

>peptide 15 (45 aa)
MISSSEEATTSYLASCLTLLGLCFCVLVGVVRRKRGVRGEADRRE*

>peptide 16 (41 aa)
MFIIICIGPFHRSSFCHPSRKGGWADLLGKENQSDGKEHWI*

>peptide 17 (42 aa)
MGFGGLTEESEHTRCFLSMQEPCWELCVLTLYLSAVHHAQYD*

>peptide 18 (38 aa)
MHSTHHASLNKIWPGNICWLSKKSCFIFPFFFLNTMAS*

>peptide 19 (38 aa)
MICFLPRKLHLKVFFSSEQQSMCAVFLISTCVLLPVNC*

Sequence

>CNT30100008
CAACAGTAATGTTCTACAGTTAGTGAGATGTAGAGAGAGATATGGCTAGCTAATCCATGAGAGAGATCTAGATAGAGAGAGGGAGAGATGATCAGTTCTT
CAGAAGAGGCTACTACTAGCTATCTAGCTTCATGTTTAACTCTTCTTGGTTTGTGTTTTTGTGTGCTTGTTGGAGTTGTTAGGAGGAAGAGAGGGGTGAG
AGGTGAGGCTGACAGAAGAGAGTGAGCACACATGGTGACTTTCTTGCATGCTGAATGGACTCATGCTTGAAGCTATGTGTGCTCACTTCTCTCTCTGTCA
GCCATTTGATCTCTCTTTCTCTCTTTCTCCCTCATGTGTTATACTGTTCTCTCATATCTATCTTCTTTGAGGTAGTAATATACTTGAGCAAATTAAGCTG
CTTAATTATTTGTGTATGATGATCAGCTGCTGATCCGGCCTCATTTCTTGCATATATGAGATCAGTTTCAACCACAACCACATACATGCTTGTTCATTTT
TTTTCACAAAGAAAGAGAACAGTTTAATTTAATTTCTTGGGGTTTTTGGATCAGTTAATTTGTCTTGAGAGGGGAAGAGATCTCTATGGGTTTTGGAGGT
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TGATGAGCTTGCCAATATCATCTCCACGGCAAAACACAAACTAGCTATGATTTGATTCATTATATTTCTTTTCGCTGTTTAATTAATTATATGCAGGCAT
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TGGCTGTCAGACTAGATCATCTCTGAATGATCAAGAGCCGGATCAAATAATTATTGTGAGCACCGAAATCGATCATGCGTACTCTCTCTGTGAAGTATTT
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ACAAGTTTACATTATATTGTAATTGGAATCTGTTGCAAGTACTATATACTGTTTTTTTATGCATAGCAGTTGAGAAATAGAATCCAATATACTTGTGCAA
GTTATTCTATGCCACCTTAATTAATTACTTCTTCCTAGTAATGAAGTGCTAGCTTCGATCTTTCAATATTACCTGTCAATCTTAATTTATACTTGTTTAA
TTTGACTGTAATTTGCCAGCTAGAATTAAATGTACATTAAATTGAATTCTTCAGTGTTGTTCTTGTGAAGTTAAAATAATTTCTGAACATTCACCCCTCT
ATAATCATTTGTCTATATAGAAAAAGCATGAAGCAATTCTAATCACATGGAGTTGTCTAGATCAAACAATTAATTAATCAATCATCAATCAAACCAAAGA
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TCTGCTATTTGTGACTATGTGCTATTTGCTATTTTTGAAACATGGAGCAATTAATCTGTTATAATAATCGGATCGGATGAACAAGTTGAAACAAAAAGGG
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TGAAAGTACCCAAGAAAAAAAATCGAAAAAGAAGCCCAAGTTGGGGCAATGCAGGCACACGCACGGCGGATGGATGGTCCGGTCCACATGTGTGAGAAGG
GAAGCTCCACGTTCCTCCGGCCAATTCAGATAATTGGGCCGTGATAATTCATTTCGCATGACAGAAAATATTTCTTCTACTTAGCTTCATCTGGGCTTCA
TCCTTTTGGGGCAATCTCTGTTTGAGACAGCATCTCAGCTATGCATGGGCCAGCAGCAGCTCAGCATAAAATTGGTCCCTGAAAAGTGTAAAAGTTACAA
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TAATTATAAGTCATTTTGTTTTTTAATTTTTTATTTGATAAATTTATAGAAAATATTAGCAATATTCACAACGTTAAATTAGCTTCGTCATTACATGTAA
CTTTGATAACATTTTTGTTTTGTGTAGAAAATGTTGCTTTGTTTGATTAAGAAAAAAATCAAATCAACTTATGATATAAAACAGAGAGAGTGTTCACCCT
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AAACACTATCTACCTTGGCCACGCCCTCCATCATTGTCATTTCGATCCCCCGTCATTCATGTAGAATTCGGGTTGAAAAAACTACAAGCTCCATTTTTTA
TATGTATGTTTATCATAATTTGCATAGGTCCCTTTCATAGATCATCCTTTTGTCATCCTAGCCGAAAGGGCGGCTGGGCTGACCTCCTTGGCAAGGAAAA
TCAATCGGATGGAAAAGAACATTGGATTTGACCTATTGAAAATGAGATCAAAAGAAGCACTCCTAATGGTGTCAATGTGATGTTAGTACCCCTTTTCTGC
CTAATCTCCACCCCAGATTCTCTCCCAGGTTGAGAAAAAGAAGAAAACCTAGAAAAAAAAAGTGGCTTTCTGTGATGGACGGTTTTGTTTGGCGTGTTTG
GCTGTGGCCCTCTATATCACTGCTGCTCTATCTATCTATCATTCTATCTCTGCACTGTGCCACTGTGCTACTGTGCTCCTGCTTTAGCCTTAGGGGCTAA
TAAAACCTTGTCAAGTTGCAATTTGTGTGGTGATTATGCTCTGAAAATCTTAACAGTGCCTGGGGTGGCAGGGTCATGACAAGGCACTTTTGCTGTGTAT
CTTGGTGTGGGGTTTTCATGTCCACTCGTAATCAGAAATATTTCCACATGTTTCTGCATAAAAAGCATGTGCTTCATTAATTCTTGAGAAATGTCGAGCT
AAACCAGGCTAATAATTTGTAACAACGCAATGTTATTTAACATGTGTCCATTGATGTATGATGCTTATCAGTCCCAACGTTTCATCTACAATTGGTTATC
ACAACATTAGCGACAAAAAATAATTTTTGATAAAAAATTTATATATGATTTTTTGACGATTTAAAAGCTAATATTAAAAAAAGCTATGAAAAAAATAAAA
CCAACTCTAAAATTAAGATTTTAAATCAAAATTTTGGTTGCAGCTAACAAGCTGCATAGGAAATGATGAAGCAATATGTATATAGTAATAGTACTATATA
TGCTATTGCAATTAACACTAATATCCAGTTAGCAAGCTATTAACTAGTGTGGAACATATGTGAATTTATGATATACCATGACGTCGAAGTGGAAATAATA
CGATGACGTTAGAGCCATTGTAACTTATCTAATAATTTACAAAATACATCAAAATGTACAAGTACAACCTAAATTTCAACTTGTTTATGGTTGACCGACA
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GAAAGCTCAATGTATGACAAGATGAACGACAAAGTGCAAAGCATAATTTCCATTTTATTCTGTAATCACCTTCTCTGCACGTTGGTGAAATCTTAACTTC
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GGGGAACATTTGTTGGCTCAGCAAAAAATCTTGTTTCATTTTCCCTTTTTTTTTTCTAAATACCATGGCCTCCTGAAACAGATCTTATCCCAACATTTTC
TGATGTGGTCTTCTTTTAGAACAACAAAACCATAAGTATATCACAATCTCCAAAAAGGTGAACCGAGCAATGTCAATATAAAAGCAGCCGTGCACAAACT
AAAAACTGAAGGAAAAGAACAAATTAAAAGTGGGAAAAGTCCATACGTACTAACTTTTTCTTACTAAATTTTTACTAACATTGACATGTCGTATTATGAG
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TCTTAAAAGTGCATCTATCTGTCGTGTGCCTGCATCACTAGATCACTGCTGGTACACATATATAGGCTGCCCAATTTTTTTCCTGCATATATTAGCAGAA
AAAAGAAAGGAGATAAAGCACCGTTTACTTCTTTCGGCCACCGATTTCTCCAAAAACGCACGCTTCTTTCTGTCTGAACTTCCTTCAGCATCAAGCCCTT
TCTTTTCAGAATATCTTCAGTCTCACTCTTCAGGCATCTGTATATATCACAACACCACCTGGTGCTTAGGTTTGTTAGAGAGAAAAAAAAGTGTATTTAA
TTAGTGTTAATTGCAAGTTATGATGCAATGTTATATCCTTTTGGTTTTGGAGGCAGCATTAAGTTGATTTGTGTAAATGATTTGTTTTCTTCCAAGAAAA
CTTCATCTGAAAGTGTTCTTTTCTTCAGAGCAGCAGAGCATGTGTGCAGTGTTCCTGATCAGTACTTGTGTACTATTACCTGTCAATTGCTAAGAGCCTT
TACCAAAAAGTTTCAATTATTTGGAGAGACAACACACTTATTGACACAGGGAAATAAAGCATTTTTTGGCACTAGAAACAAAAAGCAAATTATATCCAGT
TTATAATAAGGCAAAGAAATGGTGAAAAAAGAAGGTAATAATACATGAATGTATCTGCAAAAAACGTGATGACTTTCTAGATGTCTTCCTCTTCAGGCAT
CAAACCACCACCTGGTGCTTAAGTTTGTTAGAGAAAAAAGTGTATTTAATTAGCGTTAATTGCAAGTTATGATGCAATATTCCACCCATTTGATTTGTAG
GCAGCATTAAGGCCCGTTCTTTTCTGATTTTGAGATGCTCATTTTCATTTGCACGCTTCGCCTCTAAACGGTG