Detailed information on CNT3099675


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE: nothing found

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30690373Oryza rufipogonOryza sativa46.9152.6299.911055forward
CNT30369156Oryza rufipogonOryza glumipatula20.4539.7696.09460forward

Expression of CNT3099675

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (43 aa)
MCLTFLSIFQISLALYGNTSRLSPALPIFPLAITAAALPPLSW*

>peptide 2 (51 aa)
MTSKRIICPNSLYWGVFSSTLKLEVTKIKSLLKKVKSLCVESFDVMEKLKV*

>peptide 3 (29 aa)
MNLDLNLNFFYNNAHVKSPRVLDPEYPGA*

>peptide 4 (30 aa)
MASITESQQRNNKNSVTNSIQFGQLFSTSP*

>peptide 5 (32 aa)
PSSPSLFVAALKAPPPPDLDSVCVPDRCSSQP*

>peptide 6 (42 aa)
CRLHLRSSLRRSRPLLLRIWIRFVFLIGVLPNHKCLIQYIFI*

Sequence

>CNT3099675
TGCCGTCTTCACCTTCGCTCTTCGTTGCGGCGCTCAAGGCCCCTCCTCCTCCGGATTTGGATTCGGTTTGTGTTCCTGATAGGTGTTCTTCCCAACCATA
AGTGTTTAATCCAATATATTTTCATTTGACTTGATGCGTTGCTTGCTGCTTTCTTGCGTCGTCTCGATTCAACTGTTTCCCGTTTTTCTTCTCTGAACCG
AGCAATGGCTGCGCTATGAATTTGGATTTGAATTTGAATTTTTTTTACAACAACGCACATGTAAAGAGTCCCCGGGTTCTTGATCCTGAATACCCGGGTG
CCTAACCTTGGTGTGCGAGAGCTAAACCTTCGCCGGCTATCCACGCTTCCTACCAGCAGGCGGGCGCTTCTTCGCCCTGTTCGCTTCTCGCGTGATTCGC
CGCACATTTTCGAATTTTTTTTATTTCACCTCCGTTTTTTCTTTTTGCCTTCTTTGTTTATTTCGTTTCGAGATCCTCCTGGCGTAGTCGATTCAGCGGC
AGTTTTTCTTTAAAATTTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTTTGCTGTTGACAAACAGGGCTCATGGAATTTAATGAGTTTTGACAGTTG
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TGAAACATTGAAAAACATGACGTCAAAGAGAATAATTTGTCCAAATTCCTTATATTGGGGTGTGTTTAGTTCCACGTTAAAATTAGAAGTTACTAAAATT
AAAAGTTTATTGAAAAAAGTTAAAAGTTTGTGTGTAGAAAGTTTTGATGTAATGGAAAAGTTGAAAGTTTAAATAAAAAAATATGAACTACAAGAGCTTG
TATCATATTGGACTAAATTTGATTTGAAAGAAATTGTATCATATTGGACTAAATTTGATTTGAAAAAAACTGGTGTGTTTCACGCTAAAATTGAAAGTTT
AGTTGAAATTAAAACGATGTGACGGAAAAATTAGAAGTTTGTGTGTGTAGAAAAGTGAAAAGTAAAAAATTTGAAGAAAAAGTTTGGATTAAAACTCGCC
TGAAACCTACTTCGAACATACCACAGCTTTCAGACAGCTTTCAGCTAAATAAGTGGAAAGCAGTGCTCAGGTCAGGAACGGAAATATGGCCAGCATCACT
GAAAGTCAGCAACGAAACAACAAGAACTCAGTCACAAACTCAATTCAGTTTGGGCAACTCTTCTCCACTTCTCCATAAAACATCCATTTGTGCAGAGGGC
CAACAGCAGTTCCGGCTTCCGGTTTTAGTACAGTGGTCTCGAACCGTATGTAGTACTTAATTACCCTTTTTGCTTTTCTGGATTAATATGTTGAGCTATT
GTCATTTTATAAGATGAGTATTTATAAGTTGAGGTGTTGTTGAGTGCATCAGTTCAAAACAAGACCAAAGAGGTATGAGAATATCTGAGTTGAACATGTA
CTCTCTCCGTCCTAAAATGTAAGTATTTTAAACTATGAATATAGACATCTGTGTGCCCAGATTCATAGCTAAAATATATTATATTTTGGGACGGAGATAG
TAACATTAAAACATCTCTAACAGTCTTACTCTCTGCTATTTACATTTGGTGAGCTATTAAAAAGATTCCGTTTAGTTCTTTGGGTATAAAGTTTTTGAAG
TATACGGACACACATTTTAAGTATTAAACGTAGACTAATAACAAAACAAATTACAGATTCCGCTTGTGAATTGAGAGACGAATTATTAAGCCTAATTAAT
CCGGTATTAACAAATATTTATTGTAGCATCATATTGTCAAATCATGTTGTAATTATGCTCAAAAGATTCATCTCGCTTTACATGCAAATTGTTGAATTGA
TTTTTTCTCACATTTAATACTCCATGCATGTGTCTAAATATTTGATGTGTCGTTTTTTGCCGAAAATTTTTGAATCTAAATAAGGCCTATATTTATCATG
TGCTTAACCTTCCTCTCTATTTTTCAAATTTCCTTGGCCCTATATGGCAACACCTCTCGGCTATCTCCGGCTCTCCCCATCTTCCCACTTGCCATCACTG
CCGCCGCCCTCCCACCTCTAAGCTGGTGACGGGGGCAATGATGGGGGAC