Detailed information on CNT30597187


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE: nothing found

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30555580Oryza meridionalisOryza glaberrima101.3926.3495.821675forward
CNT30578473Oryza meridionalisOryza barthii101.3326.6195.881674forward

Expression of CNT30597187

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (32 aa)
MEEFSVAVFDFYLVQFASPVVSFTYGLVLFHN*

>peptide 2 (34 aa)
MANCGLLCWVYYARSVGLCQFMFGSMDLSWIFWA*

>peptide 3 (70 aa)
MIHLAVTSFEQYYKVVKVILKSFDYLGEINLKIYFKNIYGPQHYKAICLKFLLSRNKCFMNYGGVLSSSI*

>peptide 4 (67 aa)
MAIVLREFDVNLFTSGKSYISQLLTCCEGSFVVTKKAHPKVSVVDDSFGSYFFRTILQGCEGDSEIF*

>peptide 5 (60 aa)
GSSPPTRYPPRWFSSPLLYKCSPILAAFFSLRMVPWLPSSSRAVILPLFPSAAGGLVVSR*

>peptide 6 (60 aa)
MFSPFQSRLLLRFWVKITSEIDIIWRPFVCLENSGYLSPSCCAFMVVLSEHRHGHSSPRI*

>peptide 7 (57 aa)
APAHRLGILLGGSPLRSSINAARSSLLSFRCGWSHGFLPLLARSFFPFSPPPRVGWW*

>peptide 8 (57 aa)
MQPDPRCFLFVADGPMASFLFSRGHSSPFPLRRGWAGGKSVGKGSIGFDLTSFAAVC*

Sequence

>CNT30597187
CGGCTCCAGCCCACCGACTCGGTATCCTCCTCGGTGGTTCTCCTCTCCGCTCCTCTATAAATGCAGCCCGATCCTCGCTGCTTTCTTTTCGTTGCGGATG
GTCCCATGGCTTCCTTCCTCTTCTCGCGCGGTCATTCTTCCCCTTTTCCCCTCCGCCGCGGGTGGGCTGGTGGTAAGTCGGTAGGTAAGGGATCCATCGG
TTTCGATCTCACCTCGTTCGCTGCCGTTTGTTGATTGATGATCAGGTGCACCAACTAGCCGGATAGATTGCCCGCTTGCTCGTCCTTTTCTGGGGCTTGA
TCCGTTCAGTTTGGAGGGGTCTAGTTTCGGCGATTTGCTTCTGCTGTTGTGTTAGTTTTCTGAACACAGTATCTCTTTCGATTGGTTTATGGCTAATTGT
GGTTTGCTGTGTTGGGTATACTATGCGCGATCGGTTGGTTTGTGTCAATTCATGTTTGGTTCGATGGATTTGTCGTGGATATTTTGGGCTTGATCAAGGC
TAGATAAACTGAAGTTTTCGCTCTGAAATGGTCATGCTATGCAGTTTTTCCTTCAGATCTGGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCTTATCAGAAAATTT
AAGTAGGTCTGTTCAGAGCTTTCAAATCACCGGCTTGAACTTGTTCAACTTCGGCAATATCTTGAATATGGTTGGGTGCCATCTTAACCGGACCATGTAT
TGCTTTTTGGCTTTGATAAAAATCGGCAATATGTGCTCGAGTTTGAGGTAAACTAGGGCGTTGGAATGATTCTTCTGTGTCAGTTCTTAGTTAAAGTTTA
ACTTAGGATTTCTCACGAGGATTTAAGGAGCTCTTTTTGACTGCCTTCCCTGTGGATTAATTTATCCTAGTACAGGAACTACAGATTACTTGCTGCTTGA
CCTGCTCAGTTTGAGTTGGTTTGCTTCCATTACAAGCAACTGTCCAAGAACATTTTATTTGTAATACGAACATTTAAACCAGAGAAATTGAAGCTTGTTG
TATGGATTGGTCATGGTTACGAATAGTCATTGGTGTATAAGATGTTTTCTCCATTCCAGTCAAGACTGCTGCTACGCTTTTGGGTCAAAATAACAAGTGA
GATTGATATTATTTGGAGGCCATTTGTCTGCTTGGAAAACTCTGGTTATTTAAGTCCATCCTGCTGCGCTTTTATGGTTGTCTTGTCAGAACATAGACAT
GGCCATAGTTCTCCGAGAATTTGATGTTAACTTGTTTACTTCCGGAAAAAGCTATATCAGTCAGTTATTAACTTGCTGTGAGGGGAGTTTTGTAGTAACT
AAGAAGGCACATCCTAAAGTTTCTGTGGTAGATGATTCATTTGGCAGTTACTTCTTTCGAACAATATTACAAGGTTGTGAAGGTGATTCTGAAATCTTTT
GACTACTTGGGTGAAATTAATTTGAAGATTTATTTCAAGAACATTTATGGACCTCAACATTATAAAGCCATCTGTTTGAAGTTTCTTCTGAGTAGAAACA
AATGCTTTATGAACTATGGAGGAGTTCTCAGTAGCAGTATTTGACTTCTACTTGGTCCAGTTTGCATCTCCAGTAGTATCCTTCACATATGGGCTTGTAC
TGTTCCATAACTAGCTAGGCCCTGGGTTCATTTCAACATATGATTGGCCCTC