Detailed information on CNT30595820


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE:
NONORUT006988, E-value = 1e-91

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30370040Oryza meridionalisOryza glumipatula9.0850.2788.41276forward
CNT30109079Oryza meridionalisOryza longistaminata7.0126.288.73213forward
CNT30100867Oryza meridionalisOryza rufipogon2.5725.9189.7478forward
CNT30575698Oryza meridionalisOryza barthii11.2944.689.5343forward
CNT30550954Oryza meridionalisOryza brachyantha5.2344.4184.28159forward

Expression of CNT30595820

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (54 aa)
MANHGLIRLKRFVSRFPPNCAICFLIYLYLILYACVQRFDMMFLEKSSWELNMA*

>peptide 2 (57 aa)
MSFWDLELQLRACLGHEKKIFECHIERLTGCWNGFSDTNKKTNFITRLETARRIVRA*

>peptide 3 (30 aa)
MVVLCMELGILSVQGKNRTYVLRLLKDANI*

>peptide 4 (30 aa)
MSFLQSLLMSPGELACACALYHGDVQYVYC*

>peptide 5 (38 aa)
MHTPIQALTSDLTSHMGATSLASSSVTHTADSLSLSPE*

Sequence

>CNT30595820
CTTGCATGTTTGTGGAGTAATATATTACATATTGATCTATCTTGTTAATTTTTTTAAAAAATTTTCATGATCATCTAGTTGACATGCAATAAACGGATGG
ACGTCCACTCGAGCCAACTTTCTATTTATATCTAAAAATAATATAATGCAAACTATAACTTAGCCTGGTGGCGTAGTTCATATATCATGCAGAATATGAT
ATGTGAATGTGTGTGAGCTGGCCGGCTAGATAGATGTGCGGTGCAGGGCCTTTCGTTGGCCTTACGTGTCAGAAGAGCCTGTGGTTCACGCTTCACACGC
CTTAGATTTCCCTTGGATACATGCATACTCCGATCCAGGCCCTTACATCTGATCTCACGAGTCACATGGGTGCAACTTCGCTTGCTAGCAGCAGTGTCAC
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CTCTGCATGCAGAGTTCTTAGCATCAATAATTTTGATGCAATGGGGGCCTAGCCTTATATATGTGTAGGCTTTTGTAGTTTTGCATGTGTTTTTTCATCC
ATATATATTCTTGTTGGATCACCCTTTGGTTCCTTGGAAAATGAGCTTTTTACAAAGTCTTCTCATGTCTCCGGGCGAGTTGGCGTGTGCGTGTGCTCTC
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AATTGAGGGCATGTTTAGGCCACGAAAAGAAAATTTTTGAATGTCACATCGAACGTTTGACCGGATGTTGGAATGGGTTTTCGGACACGAATAAAAAAAC
TAATTTCATAACTCGCTTGGAAACCGCGAGACGAATCGTTCGAGCCTAATTAATCTACCATTAGCAAATATGGGTTACTATAGTATTTATGGCTAATCAT
GGACTAATTAGGCTCAAAAGATTCGTCTCGCGATTTCCCCCTAACTGTGCAATTTGTTTTTTAATTTATCTATATTTAATACTATATGCATGTGTCCAAA
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ATCAATGTTATTGAACACTTCAAATACAAGACATTATTAAAAACGTGATTCATTGACAACCCTGGGTGGCCTAGGAGCTACCCGGGGTCGCTAGGCGTGT
ATCTGCACCTTGGTAGAAGTTGTACATATTTTGAGCCTTTAAAGGTCATTAATAACGCATATTGTCTTGTCATATAGTTACCCTACAAATATGTATGTTC
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GTAAATGAATTTAGTCGTGGATGTCTGTACAGTAATACATGTGACGGCATAATCTATATGGCCAAATCTTATTAGCTTATAACTATTTAGATTTCATACA
TGAAACGAGGGCGCGCACGACACACATTCTTGATTTAATATAGCTTAAAATACTTCTCCCAAGATTTTTTTTTTTCGGAATACTAACAGTAGGAGTTGTT
ACACGCAATATATTAAATTCACTTTACTTGTAGAAGAAAGAATTAAAGATATTTCAACGATAGTATATCACACAGTTCTACTGTTTAGACGACCATTATT
TCTTGTACCCACCTCAAGTCATACGCACAGTGTACACACATTCATGCATCCTTGCCAATTAGTACTGTACTAGCTAGTACTCCAGCTTGTAACTTTTTCC
GTACAAATATATGGTCGTCCTGTGTATGGAACTTGGAATCTTATCGGTTCAAGGCAAGAATCGAACGTACGTACTACGTCTCCTAAAAGATGCAAATATA
TAATTCTTGAATACACATTGCATCTAGTTATTATAGTGCTTTTTTTTTGCATGGATTTCTGTACTGTTGTGCTTAACATGCAATTGATTAGAGAAAAGTA
ATCATTTTCTCGGGAGTGGATTTTAAACTCTCGAGAGGACATCCCCTCGTTATTTGCATGTAATTTAAATTGTTACGAAAAAAATTAAAAAAATCTGAGA
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TATAATTTATTTTTTTTTTGTTGTGAGATATAGAAGTTGAATTTGAGCTTCATGTTTGTGGAGTGATATATCCCATATTAATATATCTTTTTATTTTTTA
AAAAAAACAACTAGACTAGCTATTTGAGTGACATGCAAACAATTATGGGACATCCTTCTAAGAGTTTAGAATAAAAATACTATTTTCTCAACTCTCTTTA
GTTATTAGTATCGATATGATGGCAATGCCTTCTTTCCAATATATAGTTAACTAGTCGATACCCCGCGCTTTGCTGTGGAATATGTATGAATGCATGTTAT
ATATTATAGAAATGGTAATGTATATGTTTAAATAATGTGAAAATAATATGGAGATATTGATTTGACATTGCTTGCATATTGAGTTCTAAAAATACAACAA
AATTGTATAAGTCTTTTGTTTTTTTTCTAGTCAACTTATTTAAGTTTGACCAAGTTTACAGAAAAATATAATAGTATTTAAAAAATAAACATATTATTAG
AATATATTAAATGTTAGATTTAATAAAATTAATTTGAT