Detailed information on CNT30370061


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE:
NONORUT002688, E-value = 2e-107

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30101490Oryza glumipatulaOryza rufipogon66.6189.1599.41504forward
CNT30575998Oryza glumipatulaOryza barthii16.1646.9898.9365forward
CNT30116419Oryza glumipatulaOryza nivara64.1390.6799.381448forward

Expression of CNT30370061

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (40 aa)
MTAMEIDVSVGEGIMFIEGHTSCDQQNMFRDAKVRDMCTV*

>peptide 2 (59 aa)
MSAWVKGSCSLKDILVVINRICLGMQKLEICALYDVCSSGALCFPLFQYETYSLLGGSF*

>peptide 3 (63 aa)
MCPHDIFIFLVYCSLSIVLCVILTGLYVYFLATLFWLLLLLHVLILGARALELLGLWDDSNGN*

>peptide 4 (37 aa)
MLQYGIMLMLLNFRRKLSMIPVTVHMHCSYSCNFCYF*

>peptide 5 (39 aa)
MEFLGLVWCPLSHKLSEIATVEKFLSLISDVQDIHIYNF*

>peptide 6 (31 aa)
MCKIFISIIFRCVHMTFSFFWSIVLCQLFSV*

Sequence

>CNT30370061
GAAAGCATCATTAGTCAAAATTTGAGTTTTGCAAAAAAAAATCATATGATGTTGACAAAATGAAAGGCTTTTTTTATTGTTTTGACACCATTTTTGAGGC
TAAATACTGCTTGATTTATATTTTTGAATCTGAATAAGTCCCACTCTATTAGTTTTGCTTTCACATACTACTGCATTATCCTTAGCCTCTAATTCTTCAT
ATGATGTTGATTTTGCTTAATGTATTCCCCTTATAGTCCAGTTACAGTCATATACACTGTAGTTACAGTTGTAACTTTTGTAGTTTCTCACTGTAACTGA
ATGCAGGTAGTTAGATTATTTTTATTTATCATGCTTCACCTCTAATTTTTAATGTATATAAATTTGTGCTAGATGAAAATTTCTACAAATATCATATATG
GTGCCAATGACAGGTAAGCATGATTTTCTGACCTTGAATTGTCTTCTTGCTTCTTAATTCTTTGGAGTCGATTATGTCACTTACACATGTCTTTGATTGT
GTATTCCCTGTAACTTGAGCCTGCAATCTATGACATCCTGCATGTTTTGGGTCATTTTATAACATGTTACAATATGGAATAATGCTGATGCTATTGAATT
TTAGGAGAAAGTTAAGCATGATTCCAGTTACAGTCCATATGCACTGTAGTTACAGTTGTAACTTTTGTTATTTCTAACTGTAACTGAATTAAGGTAGTTA
GATTATTTTTATTTATCATGCTTCACCTCTAATTTTTGCCTTATATAATTTGTACTAGATGAAATTTTCAACAAAGATCAGATATGGTGCATAATAATAG
TTTTCATGAGAAACTACAGTGTTATGTTTGATGAAATTTTCTATGAAGATCAGATATGATGCACAATAATAGATTCTGCTTTGTTTTTGCTTAACAAGTG
CTGCCCGGGACATAACTCTTATGTGTCTACTTATTCCTTTCATTAAAACAGAAAAGGAGAACTAGCCAGGTAAATTCTATGATCGTCAAACTTTTTCTTG
CAGAAAAAATTATGGATGTATAGCTCCATGTTTTTTTATTGGTTTGCATTTATGTGGATGTCAGCTTCAATATATGTTTTCTATTAGGAAATTACCCACA
AAAAATATATCTCTTGAGGCATTTGAATGGCTGATCTAAACCTTGTATCTTTTTTGATTTAGTTATGGTATTTGATGCCCACTTCTTTCATCTGGGGATT
TAGTTTAGTTTTCAAATTGTATTTTCAGTTTTGAATCTTTGATTTAACAGATGAAGTCAATATTTTAGGTTTCATGCAGTCCTAAAACACACTTACAGTG
CAACTCACACCACTTACAGTGGAAATATACCTTAGTTACAGTTGTAATTTTTATTATTTCGCACTGTAACTGACTATTGGTAGTTAGATTGTTAATTATT
GATATTGGTTTTATCAGAGACTTGTAGTTTGGGGAACCCTAGGCATCTTTATTTTCTTAGATATGTGCCTGATATATTTGTTTTTTGCTAGTTAGTAATG
TAGGCCTAGTTTTGTACTGTTTTTTTTTTCTGTTATCTCTATTTCTCTTGGTAGAATATAGATTGACCTGAGGCTTCTTCCTTGATAGAAGCTTGACATA
CTGTCTCTAGTTTACTTCCATTGCTTAGCATGGAATTTTTAGGTTTAGTGTGGTGCCCGTTATCTCACAAGTTATCTGAGATAGCAACTGTTGAGAAATT
TTTGTCTCTAATTTCAGATGTGCAAGATATTCATATCTATAATTTTTAGATGTGTCCACATGACATTTTCATTTTTTTGGTCTATTGTTCTCTGTCAATT
GTTCTCTGTGTGATATTGACTGGGTTATATGTGTACTTTTTAGCAACTTTGTTTTGGCTTTTGTTGCTCTTGCATGTGTTGATTCTGGGAGCAAGGGCCT
TGGAGCTGCTTGGATTGTGGGATGACAGCAATGGAAATTGATGTCAGCGTGGGTGAAGGGATCATGTTCATTGAAGGACATACTAGTTGTGATCAACAGA
ATATGTTTAGGGATGCAAAAGTTAGAGATATGTGCACTGTATGATGTATGTTCTTCTGGTGCCCTATGTTTCCCCTTATTTCAATATGAAACTTATAGCT
TATTAGGAGGATCTTTTTGAATCAAAAGTCATGTTTCCCTACTCAGTACTGCTTGATGTAAAGGAATCCAAAATTTCATGCAATTTCCCTAAGAGTTTTC
AAATCTGAGTTGTTTTTGTTTGATTTTGATACTGTATGGCATATCCGGTGAAATCAAC