Detailed information on CNT30110005


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE:
NONORUT004914, E-value = 2e-86

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30697735Oryza longistaminataOryza sativa47.1664.0694.781321forward
CNT30555568Oryza longistaminataOryza glaberrima47.1621.4696.521321forward
CNT30597209Oryza longistaminataOryza meridionalis41.8166.9196.161171forward
CNT30370553Oryza longistaminataOryza glumipatula5.1123.493.71143forward
CNT30104438Oryza longistaminataOryza rufipogon47.1619.6195.231321forward
CNT30578473Oryza longistaminataOryza barthii46.220.5796.451294forward

Expression of CNT30110005

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (31 aa)
MGCFITHSTLSVIYILYICIKFLNKTNGVMY*

>peptide 2 (29 aa)
MLRLRDRLVCVNSCLVRWICRGYFGLDQG*

>peptide 3 (56 aa)
MQPGPRCFLFVVDGPMASLLFSRGYSSPFPLRRGWAGKSVGKGSIGFDLTSFAAVC*

>peptide 4 (54 aa)
AHRLGFLLGGSPLRSSINAARSSLLSLRCGWSHGFPPLLARLFFPFSPPPRVGW*

>peptide 5 (60 aa)
MFSPFQSRLLLRFWVKITSEIDIIWRPFVCLENSGYLSPSCCAFMVVLSEHRHGHSSPRI*

>peptide 6 (57 aa)
SPPTRFPPGWFSSPLLYKCSPVLAAFSSLWMVPWLPSSSRAVILPLFPSAAGGLVSR*

>peptide 7 (37 aa)
MANCGLLCWVYYVEIARSVGLRQFMFGAMDLSWIFWA*

>peptide 8 (36 aa)
MLFPLYNILHFIEIVSQLHSSIYFMGKMCMLISTFVQ

>peptide 9 (46 aa)
MKLYGSCVIVLSCFHFVRVECSIVALHSGTRIFPGIFWIVLQLPQF*

>peptide 10 (38 aa)
MGECSSPCIIFCILLKLCHSYIVPFILWGKCACLLVLLS

>peptide 11 (33 aa)
MTPLTFSHMFDHSSYSKNLRNYNLFCYGLFYHP*

>peptide 12 (32 aa)
MEEFSVAVFDFYLVQFASPVVSFTYGLVLFHN*

>peptide 13 (67 aa)
MAIVLREFDVNLFTSGKSYISQLLTCCEGGFVVTKKAHPKVSVVDDSFGSYFFRTILQGCEGDSEIF*

Sequence

>CNT30110005
AGCCCACCGACTCGGTTTCCTCCTGGGTGGTTCTCCTCTCCGCTCCTCTATAAATGCAGCCCGGTCCTCGCTGCTTTCTCTTCGTTGTGGATGGTCCCAT
GGCTTCCCTCCTCTTCTCGCGCGGTTATTCTTCCCCTTTTCCCCTCCGCCGCGGGTGGGCTGGTAAGTCGGTAGGTAAGGGATCCATCGGTTTCGATCTC
ACCTCGTTCGCTGCCGTTTGTTGATTGATGATCAGGTGCACCAACTAGCCGGATAGATTGCCCGCTTGCTCGTCCTTTTCTGGGGCTTGATCCGTTCGGT
TTGGGGGTAGTTTCGGCGATTTGCTTCTGCTGTTGTGTTAGTTTTCTGAACAGTATCTCTTTCGATTGGTTTATGGCTAATTGTGGTTTGCTGTGTTGGG
TATACTATGTTGAGATTGCGCGATCGGTTGGTTTGCGTCAATTCATGTTTGGTGCGATGGATTTGTCGTGGATATTTTGGGCTTGATCAAGGCTAGATAA
ACTGAAGTTTTTGCTCTGAAATGGTCATGGTTAGGATTGCTCACTGGCCTAAGATTATTGTTTGAGACCGTTCGTCTGCTTGCAGCTATGGAGTTTTTCC
TTCAGATCTGGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTTCTATCAGAAAATTTAAGTAGGTCTGTTCAGAGCTTTCAAATCACCGGCTTTAACTTGTTCAATTT
CGGCAAGACATACTCTTCAGATTATCTTGATTATGGTTGGATGTCATCTTAACCGGACCATGTATTGCTTTTTGGCTTTGATAAAAATCGGCAATATGTG
CTCGAGTTTGAGGTAAGCTAGGGCGTTGGAATGATTCTTCTGTGTCAGTTCTTAGTTAAAGTTTAACTTAAGGATTTCTCACGAGGATTTAAGGAGCTCT
TTTTGACTGCCTTCCCTGTGGATTAATTTATCCTAGTACAGGAACTACAGATTACTTGCTGCTTGACCTGCTCAGTTGAGTTGGTTTGCTTCCATTACAA
GCAACTGTCCAAGAACATTTTATTTGTAATACGAACATTTAAACCAGAGAAATTGAAGCTTGTTGTCATGGTTAGGAATAGTCATTGGTGTATAAGATGT
TTTCTCCATTCCAGTCAAGACTGCTGCTACGCTTTTGGGTCAAAATAACAAGTGAGATTGATATTATTTGGAGGCCATTTGTCTGCTTGGAAAACTCTGG
TTATTTAAGTCCATCCTGCTGCGCTTTTATGGTTGTCTTGTCAGAACATAGACATGGCCATAGTTCTCCGAGAATTTGATGTTAACTTGTTTACTTCCGG
AAAAAGCTATATCAGTCAGTTATTAACTTGCTGTGAGGGGGGTTTCGTAGTAACTAAGAAGGCACATCCTAAAGTTTCTGTGGTAGATGATTCATTTGGC
AGTTACTTCTTTCGAACAATATTACAAGGTTGTGAAGGTGATTCTGAAATCTTTTGACTACTTTGGGTGAAATTAATTTGAAGATTTATTTCAAGAACAT
TTATGGACCTCAACATTATAAAGCCATCTGTTTGAAGTTTCTTCTGAGTAGAAACAATTGTTTTATGAACTATGGAGGAGTTCTCAGTAGCAGTATTTGA
CTTCTACTTGGTCCAGTTTGCATCTCCAGTAGTATCCTTTACATATGGGCTTGTACTGTTCCATAACTAGCTAGGCCCTGGGTTCATTTCAACATATGAT
TGGCCCTCTTGTATGTTGGTTTGGTGTCATCTTGTAATTTGTGTGTTCATTAAGCTTCCCTCTGATGTTGGAAATTGTAATTATCAAATGATATAGACGT
CCATATACTGATTTAGTCTGTATAATAGTTGTAACATGGTAATTTGTTTTGATAATCCTGAGTTTGATTAACTTATATTACCATGATCTCTATGGAACAA
TAGAATGAAACTCTATGGCTCTTGTGTCATTGTTCTCTCTTGCTTTCATTTTGTGCGTGTTGAATGTAGCATTGTAGCACTTCATTCAGGAACTAGGATA
TTTCCAGGAATATTTTGGATCGTCTTGCAGCTTCCACAGTTTTGAAAGTTGTTCATCTTCTATACTAACTTGGTAGATAACTGGAGTTTACAGTGTCGAG
GCAATTTTTTCCTAGGCTCATAAAAGATGGAAATGTGGATGATTTTTAAATATTATGCTTGATAGGAATTGTCCTAAATTATACTCCCTCCGTTTTTTAA
TAGATGACGCCGTTGACTTTTTCTCACATGTTTGACCATTCGTCTTATTCAAAAAATTTACGTAATTATAATTTATTTTGTTATGGGTTGTTTTATCACC
CATAGTACTTTAAGTGTGATTTATATCTTATACATTTGCATAAAATTTTTGAATAAGACGAATGGCGTCATGTATTAAAAAACGGAGGTAGTATATCTTA
TGTCCAGGGCTTTTGAATTGAGGTGAATCCCTTGAACTTAGTTGCTAATCACAACAACACATTATCACTGACTTGTGTCTTCTTACAGTTTGTCTGGTAT
ATTTCTTTCTTTATAATTATTATTTCTCATTCAACATAGTATCGCCAATTAAGATTTGCCAAGGGACCTTAAACAAGAGCACATTGTTGCTTGCCAATGA
GAATTTTTTGACTTGTGAGGTAGTGCCATACTAACAGAACAACTAATATATAGCATCCTTTTGCATGTATTAATTCACTTAAATGGGTGAATGCTCTTCC
CCTTGTATAATATTTTGCATTTTATTGAAATTGTGTCACAGTTACATAGTTCCATTTATTTTATGGGGAAAATGTGCATGCTTATTAGTACTTTTGTCCA
G