Detailed information on CNT30109436


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE: nothing found

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30555414Oryza longistaminataOryza glaberrima41.0942.7398.092305reverse complement
CNT30371298Oryza longistaminataOryza glumipatula56.5656.5996.723173forward
CNT30104296Oryza longistaminataOryza rufipogon21.0557.8197.971181reverse complement
CNT30578161Oryza longistaminataOryza barthii41.0741.5898.222304reverse complement

Expression of CNT30109436

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (30 aa)
MIVVAFLGLLRAFKSPLLIGSIPARKSAKV*

>peptide 2 (29 aa)
MTFIQNVSLVLQSFIYFIYDEYVLSMHAY*

>peptide 3 (37 aa)
MKGLLCENLCFCMCLCLVMYEILSSNKYSVFFWTLLS*

>peptide 4 (34 aa)
MLGCSVWGRGCLTLPMPVPSPDKSGGGTVSGCFR*

>peptide 5 (47 aa)
MLDVLSSECTCADFVFHVQPVKTIIHFSWMRSIFYISVLLTVLFMLF*

>peptide 6 (51 aa)
MMLFGGNLSAWNFAVKSNPAMVHGSVNLVRTFRHGHSSHRILMLTCLLPES*

>peptide 7 (57 aa)
SKPHTDSASPGPPTPPPYPSPTATRIVGRPPTRFPPRCLSSPLLYKCKPVPLCLSSL*

>peptide 8 (43 aa)
MVGSVQYSLALCLFVWCVVFNVLFKHPKDVGNCNYQMIRTTMS*

>peptide 9 (43 aa)
MQARSPLPLIAVNCAIDGFLPLLARVISSFPFPHTAAGGLVSR*

>peptide 10 (45 aa)
MGSSIYHEVCCTRCIVICLLCKLECLFPMRLCIASIFYCDCYICI*

>peptide 11 (45 aa)
LKAAHGLGIPGPTNTASVSVSDCDQNSRAPTDSVSPSVPLLSAPL*

>peptide 12 (39 aa)
MYHLFCKVSFILFMMNMYSVCMLISFFRVMLVYFNIFML*

>peptide 13 (42 aa)
MLFIGIDSVFEIDVNLLNFVANHPQYFSKYIIHTFSLCTLKI*

Sequence

>CNT30109436
CTCAAAGCCGCACACGGACTCGGCATCCCCGGGCCCACCAACACCGCCTCCGTATCCGTCTCCGACTGCGACCAGAATAGTCGGGCGCCCACCGACTCGG
TTTCCCCCTCGGTGCCTCTCCTCTCCGCTCCTCTATAAATGCAAGCCCGTTCCCCTCTGCCTCTCATCGCTGTGAATTGCGCGATCGATGGCTTCCTTCC
CCTTCTCGCGCGGGTTATTTCTTCCTTCCCCTTTCCCCACACTGCCGCGGGTGGGCTGGTAAGTCGGTAGGTAAGGGACCCATCGGTTTCGATCTCACCT
GGTTCGCTGCCCTTTTGTTGATTTGATCATCAGGTGGTGCTTTGATCGGTTCGGTCCGGTTTCTAGTTTCGGTGCCTGCTTGATCCGTTCGGTTTTTGGG
GTCTAGTTTCGGCGATTCGTCTCTTGCTGTTGCGTTAGTTCTCTCAACGGCCCTTCTTTCGATTGGTTTATGGCTAATCGTGATTTGTTGTTTTGGCAAT
ACTGATTGCGAGGTCGGTCGGTTTGCTTCACTTTCTGTTCGGTGAGATGGATTGTCAGCTTAATTAAGCTGTACCGTGGATATTTTGGGTATGATAGATA
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TGGCTTTCTTAGGTTTGCTTAGAGCTTTCAAATCACCGCTGTTAATTGGTTCAATTCCAGCAAGAAAGAGTGCTAAAGTTTGAGTTAAACTAGGGTGTTG
GAAGATTCTTCAGTATTGTTCTTCTGTGTTAGTTCTTAGTTAAAGTTTAACTTCTGGATTTTTTTCACGAGGATTTAAGGAGCTCTTTTTGACTGCCTTC
CCTGTGGATTATTTTTATCGTAGTACAGGAACTACAGATTACTTGCTGCTTGACCTGTTCAGTTTGAGGTACAAATCCCGTTATTTTCATGTTCACTGGT
GTTAGTTTGTAGGAACCTTAATGCTTTGGTTTAGGGTTATGACTAATTGCAATTTATTGAATTTTCAATATGTTAATATTGTGCAGTTGGTTTGCTTCCA
TTAGAAGCGATTGTCCGACCACTTAATCTGCATTATGAACATTTTTGGCATATTGAAACCAGAGAAACTGAAGCCTGTGGTATGAATTGGTCATGGCTAG
GATTAGACATTGGTGTATAAGATGGTTTCTCCATTCCATTCAAGACTGGTGCTACTTTTTTTCTCATCAAAACTAACAAGTGAATGATGTTATTTGGAGG
AAATTTATCTGCTTGGAACTTTGCTGTTAAGTCAAATCCTGCTATGGTTCATGGATCAGTCAATCTTGTCAGAACATTTAGACATGGTCATAGTTCTCAC
AGAATTTTGATGTTAACTTGTTTACTTCCGGAAAGCTAATTTATCAGTTAAGATGGAGATGGTTATGTAGTAGCTAAAAGGCCCATCCTAAAGTTTCTAT
GGTAGATGATTCTTTTGGCAGTTACTTCCTTTGAACAATATACAAGGCTATGAAGGTGATGCTGGAATCTTTTGACTAATGGTGAAAATAATTTGAAGAT
TGGTTTCAAGAAAATTGATGGAACTGAATTTGCTTTCCTGCTCTGAGAAGTAAATTCGATGGTTGAGTGTATAGTGTGCCATTATAAAACCATCTATTAA
ATGTTCTTGTGAGTAGAAATCTATGCTTTATGAACTGTGAAAGAGTTATCAGTAGCACTATCTGATCTCTAATTAGTTGGCCCAACTTGTTTCTCTAGTA
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TTCAATGTGCTCTTTAAGCATCCTAAAGATGTTGGAAATTGTAATTATCAAATGATTCGGACTACCATGTCCTGATTTGGTCTGTAAGGTTGTTGTAATA
TGATAATTTATTTTGACAATTATGTATTTTATTAACTTATATTACCATGATCTGTACGGAAAATAAGTTGATGGCATTGTTTTCTCCTGATTTAATTTTG
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TGAAATTGACGTAAATCTCTTGAACTTTGTTGCTAATCACCCACAATATTTTTCGAAATATATCATACATACATTTTCACTATGTACACTAAAAATATAA
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CTTTAAGATTTACCGAGAAAAGACCTTAATTAAGGCTAGTATCCCATTCATTGTCGCTTACCAAAGAGATTGTTTGAATGTTGTGTATGTTGTGTAGATA
GTTCCATACTCACAGAGCAACTAATATATACTATCTTTTTTTGCCTGTATGGATGCTCTATATAATGGGTGCCCTCCTCTTCGTATAATATTACGCAGTT
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TCTTTTTGCCTGTATGGATGAGCTATAATGGGTGCCCTCTTCGTATAATATTATGACATTTATTCAAAATGTATCACTTGTTTTGCAAAGTTTCATTTAT
TTTATTTATGATGAATATGTACTCAGTATGCATGCTTATTAGTTTTTTCAGGGTAATGCTTGTTTATTTCAATATCTTCATGCTTTGAAGATAAATTAAT
TAGTTCAACCTAACCTTGTTTTGTGTAGAATTCTTTCTTTGTATCATATACCTTCATGTGTGGAACTTACATTTCATTTTAGTATGGTCCTTGCATGTTC
TCGTTAGATGGCTAGCACTCTTTTCTTTATTTAATTTGAATTTTGTCCTTAGGTTTGTTTTGTTGCGTCATTTTTCTTATGTGAAATGAGCTAGGGCAAT
CATTAGCTGTTATTTGCCTTCGATTGAAGTGTCATAGGTCGCCGTTTTATTTGTCTTGGGTAGTGGTTCATCCTTGTTTGTACGTTCAGAATTTTAGTTT
CAAGAACATTGTTCACCATTCTATTATTATGTCATTTAAGGTGAATTTTCTAAAGCGAACTTGAAGAATACTAACCCTTTATAGTTCAGCTAAACAGCGA
TATGGTGGTTTTATTTATGCATCAAACTTTGTGTGCATGGTTTCAATTTTTTTAATCTGAACCAGTCTTAATCACTCCATATTATCTGGTGGTTTTAAAT
CTATTTTTATTTAATGCTTAAGTGCTTTTAGTTATTTTTTTATTTTATGGTCTAAAACTTGATGCTCTCTGTGAGCTAAATAAATCCTATGTCCTATATA
TCCTTAACATTTTTCATTTCTTCTTGCTAATTATTAATTCCAGCTTTGCTTATTTTCCATCTACATTTTGTTACAAAGGTTATATAATATCAATGTTCTA
TGTTGCTTTCCTAATGTTTGTTCGTTTGATGTCAAAATATGAAGGGATTACTGTGTGAAAACTTGTGTTTTTGTATGTGTTTGTGTCTAGTAATGTATGA
GATACTGAGTTCAAATAAATATAGTGTTTTTTTCTGGACATTGTTGAGTTAGTAACTGCCATTCTGTAATGCTATCAAAAGCTCTGATGCCTTTTGAGTT
CTAAAGAGAATAATTTGGGTTGAATTGAGCCTTTTATTTTCTTTTACTCTGGCAATAATTTGTTTAATCATAGTTCATGCTGCTCCTTTCTTTTTGGCTA
CCCGTTGATTCCTTTTAGAGTGCAGAGACTTAAATTTTCTCTGAATTTTTAATCTTCTGTACAACATATTGGCAGTGCATATCAGACATTTTTTTTAATC
AGCATATTTAAAATGTTTTTACTTTTTAGCAACGTGATTTACACCTAAAAATGTCAACATTAATGTCATCTTGAATTCTTGATTATGACTTGATCACTGA
CCTGGCTTATGCTGATTTCTGTTTTGTGTTTTCTTCATTAGCTGTTATTCTAATTTAGTATTGATATATGCGATCAGCGATGCACCTACAGTTCTGATTT
AGTATTGATATATGTGATAGTAAATACTAGTCTTTATAGTTTACTGAACAGGATGATGAATATGGAATAAAATCACTATAGTGCGCATAGTCCTGAATGA
ATGTATAATAACTGAAATATTTCGGATTTATACTTTCCACCGTGGTTCAATATGATCTTTAACAAGATGATTAATGTGCAGCTAAATTAAATATTGCTTC
AAGGATAACTTGTTATTATAATTGTCCTGGCCTATATCCTTGTGTCAGTTTGTGTACATCATTTTATTTAGGAAATGCAATCCTAAAATTTTGACTGTGT
CAATTAAATTCGGTATGCTCAATCCAAATTCTGTGGCTTCATTTCTGTGTGTAGTCTGCACTAATGCTTGAGGCGTACGTGTTGGAGTAGTATTAACCAT
GTTGGATGTCCTTAGCTCTGAATGCACTTGCGCTGACTTTGTATTTCATGTACAACCTGTGAAGACAATAATCCATTTCAGTTGGATGAGATCAATATTT
TACATAAGCGTTCTACTAACCGTCCTTTTCATGTTGTTCTAATATTGATTGTTACTGGTTGTCGTTCCTTGAAAGAATGAATGGGATCTTCCATTTATCA
TGAGGTGTGTTGTACTAGGTGTATTGTTATCTGCCTGCTTTGCAAGCTAGAATGTCTATTTCCTATGCGCCTTTGCATTGCCAGTATATTTTACTGTGAT
TGTTACATTTGCATTTGAATTTTGTCTTTTCGTTGGTATGGCTCCCTCTGATATAGGTTGCTTGTAGAGCTCTGTGAATTACTGATGACTGATTTGTGAT
TATAGTTGTTTTGTGTTAAACCTTTTGGTTTCCTTGATGTTTGATGGGCTATGGGTAGCTTAACTTGATTCTTTTGCCTTTGAATTTTTTTTTTTCACTT
GCTTCATATCTGTAGACGGAATGTTGGGGTGTTCTGTTTGGGGTAGGGGGTGCCTAACACTGCCAATGCCGGTCCCAAGCCCGGATAAAAGTGGAGGGGG
CACTGTGTCGGGGTGTTTTCGGTGAGAACTGAGAATTGCTAACAGTTATATGCAGAAGTATCTTCTTGCATTTCTGAACGTCAACAGTTGTTCTCTCGTG
TGATCTGCATCGAACTTTTGCGCTTGCAATTCATTAGTCGATGCAGTGGAAGGCAGAGCTCGACAAAAGATCCTGCACATGAGCTGCAATGACACTGAAT
TAAGAACTAT