Detailed information on CNT30104449


BLAST search results

BLAST vs Swiss-Prot: nothing found

BLAST vs NONCODE: nothing found

Results of reciprocal BLAST search (potential orthologs)
TargetQuery speciesTarget speciesQuery coverage (%)Target coverage (%)IdentityAlignment length (nt)Orientation
CNT30697615Oryza rufipogonOryza sativa65.8862.5899.441249forward
CNT30597168Oryza rufipogonOryza meridionalis54.6958.6596.621037forward
CNT30110006Oryza rufipogonOryza longistaminata62.561.1596.291185forward

Expression of CNT30104449

Peptides detected in this lncRNA

>peptide 1 (46 aa)
DRDKNRRATTDSARNPAPAHRLGFLLGGSPLRSSINAARSSLLFLR*

>peptide 2 (60 aa)
MFSPFHSRLLLRFWVKITSEIDIIWRPFVCLENSGYLSPSCCAFMVVLSEHRHGHSSPRI*

>peptide 3 (32 aa)
MEEFSVAVFDFYLVQLASPVVSFTYGLVLFHN*

>peptide 4 (34 aa)
MRDRLVCVNSCLVRWICHGYFGLDQRLDELKFSL*

>peptide 5 (34 aa)
MANCGLLCWVQYARSVGLCQFMFGAMDLSWIFWA*

>peptide 6 (35 aa)
PTATRIGGRPPIPLATRLQPTDSVSSSVVLLSAPL*

>peptide 7 (56 aa)
MQPDPRCFFFVEDGPMASFLFSRGHSSPFPLRRGWAGKSVGKGSIGFDLTSFAAVC*

>peptide 8 (47 aa)
MLWFRAMVNCNLLKFQYVNIVQLVCFHYKQLSKNILFVIRTFINQRN*

Sequence

>CNT30104449
CCGACCGCGACAAGAATAGGCGGGCGACCACCGATTCCGCTCGCAACCCGGCTCCAGCCCACCGACTCGGTTTCCTCCTCGGTGGTTCTCCTCTCCGCTC
CTCTATAAATGCAGCCCGATCCTCGCTGCTTTTTCTTCGTTGAGGATGGTCCCATGGCTTCCTTCCTCTTCTCGCGCGGTCATTCTTCCCCTTTTCCCCT
CCGCCGCGGGTGGGCTGGTAAGTCGGTAGGTAAGGGATCAATCGGTTTCGATCTCACCTCGTTCGCTGCCGTTTGTTGATTGATGATCAGGCGCACCAAC
TAGCCGGATAGATTGCCCGCTTGCTCGTCCTTTTCTGGTGCTTGATCCGTTCGGTTTGGGGGGGTCTAGTTTCGGCGATTTGCTTCTGCTGTTGTGTTAG
TTTTCTGAACACAGTATCTCTTTCGATTGGTTTATGGCTAATTGTGGTTTGCTGTGTTGGGTACAATATGCGCGATCGGTTGGTTTGTGTCAATTCATGT
TTGGTGCGATGGATTTGTCATGGATATTTTGGGCTTGATCAAAGGCTAGATGAACTGAAGTTTTCGCTCTGAATTGGTCATGCTATGCAGTTTTTCCTTC
GGATCTAGTAATTTTTATGATAAGGTCAAGTCATATCAGAAATTTTAAGGGCGTTGGAATGATTCTTCTGTGTCAGTTCTTAGTTAAAGTTTAACATCAG
GATTTCTCGCGAGGATTTAAGGAGCTCTTTTTGACCGCCTTCCCTGTGGATTAATTTATCCTAGTACAGGAACTACAGATTACTTGCTGCTTGACCTGCT
CAGTTTGAGGTACAGATCTCGTGATTTCCCTGTTTACTGGTGTTAGTTTTAGGAACCTTGATGCTTTGGTTTAGGGCTATGGTTAATTGCAATTTATTGA
AATTTCAATATGTCAATATTGTGCAGTTGGTTTGCTTCCATTACAAGCAACTGTCCAAGAACATTTTATTTGTAATACGAACATTTATAAACCAGAGAAA
TTGAAGCTTGTTGTATAGGATTGGTCATTGTTAGGAATAGTCTTTGGTGTATAAGATGTTTTCTCCATTCCATTCAAGACTGCTGCTACGCTTTTGGGTC
AAAATAACAAGTGAGATTGATATTATTTGGAGGCCATTTGTCTGCTTGGAAAACTCTGGTTATTTAAGTCCATCCTGCTGCGCTTTTATGGTTGTCTTGT
CAGAACATAGACATGGCCATAGTTCTCCGAGAATTTGATGTTAACTTGTTTACTTCCGGAAAAGCTATATCAGTCAGTTATTAACTTGCTGTGAGGGTGG
TTATGTAGTAACTAAGAAGACACATCCTAAAGTTTCTGTGGTAGATGATTCATTTGGCAGTTACTTCTTTCGAACAATATTACAAGGTTGTGAAGGTGAT
TCTGAAATCTTTTGACTACTTTGGGTGAAATTAATTTGAAGATTTATTTCAAGAACATTTATGGACCTCAACATTATAAAGCCATCTGTTTGAAGTTTCT
TCTGAGTAGAAACAATTGCTTTATGAACCATGGAGGAGTTCTCAGTAGCAGTATTTGATTTCTACTTGGTCCAGCTTGCATCTCCAGTAGTATCCTTTAC
ATATGGGCTTGTACTGTTCCATAACTAGCTAGGATATGGGTTCATTTCAACATATGATTGGCCCTCTTGTATGTTGGTTTGGTGTCATCTTGTAATTTGT
GTGTTCATTAAGCTTCCCTCTGATGTTGGAAATTGTAATTATCAAATGATATAGACGTCCATATACTGATTTAGTCTGTATAATAGTTGTAACATGGTAA
TTTGTTTTGATAATCCTGAGTTGTAACATGGTAATTTTGTCCATATACTGATTTAGTCTGTATAGAATGAAACTCTATGGCTCTTGTGGCATTGTT